Drugiego dnia uroczystościom pogrzebowym przewodniczył abp Marek Jędraszewski, metropolita krakowski a homilię wygłosił abp Grzegorz Ryś, metropolita łódzki. Zmarły biskup został pochowany w krypcie biskupiej kościoła śś. Piotra i Pawła w Krakowie.
Msza św. pogrzebowa z udziałem biskupów, licznych kapłanów oraz wiernych, którzy ks. Malińskiego znali i cenili, została odprawiona w kościele ss. wizytek. Następnie ks. Maliński został pochowany na cmentarzu na Salwatorze.
Msza św. z wprowadzeniem ciała zmarłego biskupa, tzw. importa, odprawiona została w katedrze na Wawelu. Uroczystości przewodniczył kard. Stanisław Dziwisz, a Mszę św. koncelebrowali licznie obecni biskupi i kapłani.