Po likwidacji zbrojnego podziemia i wyeliminowaniu opozycyjnych partii politycznych z życia publicznego, tj. po 1947 r., władze komunistyczne podjęły zdecydowane działania represyjne wobec Kościoła katolickiego i jego ludzi.
Obradująca w dniach 1-2 maja w Nowym Mieście n. Pilicą 18. Kapituła Generalna Córek Maryi Niepokalanej wybrała nową przełożoną generalną. Została nią s. Agata Mirek, która będzie kierować zgromadzeniem przez najbliższe sześć lat.
Żaden pan! Brat Mirek jestem, tylko taki bez habitu – śmieje się na powitanie. Spod finezyjnego kubraka wystaje koszula w arabskie wzory. Rzeczywiście, żadne „oficjalności” do brata Mirka nie pasują. To chodząca Boża radość. – Siostro, pokażę ci coś – mówi.
Wtrącano je do więzienia, odmawiano praw obywatelskich, pozbawiano prawa do zakupu żywności czy węgla, odmawiano prawa do nauki i ubezpieczenia, aresztowano, tworzono dla nich obozy pracy, skazywano na karę śmierci.
To miał być początek końca zakonów w Polsce. W ciągu jednego dnia władze PRL wysiedliły z klasztorów 1300 zakonnic, oskarżając je o sprzyjanie niemieckim rewizjonistom.
Przez długi czas poszukiwał prawdy, pielgrzymując od jednej do drugiej szkoły tradycji filozofii greckiej.