Opinia publiczna w Polsce i w świecie, z chwilą porwania i śmierci ks. Jerzego Popiełuszki, 19 października 1984 r., uznała go za męczennika.
W dniu 19 października 1984 roku w godzinach wieczornych ks. Jerzy Popiełuszko w kościele Pięciu Braci Męczenników w Bydgoszczy odmówił Różaniec i odprawił Mszę świętą. Podczas drogi powrotnej do Warszawy, pod pozorem kontroli drogowej, został zatrzymany, porwany i zamordowany, a ciało wrzucono do Wisły . Zanim nastąpił ten zbrodniczy akt, prześledźmy losy ks. Jerzego w ciągu kilku kolejnych godzin, by bliżej zapoznać się z jego męczeństwem. Ostatnie godziny jego życia poznać możemy jedynie na podstawie akt Procesu Toruńskiego, zwłaszcza aktu prokuratorskiego oskarżenia i wyroku skazującego morderców na wysokie kary.
„Po godz. 21-ej do samochodu wsiadł ks. J. Popiełuszko z kierowcą Waldemarem Chrostowskim. Wówczas postanowili zatrzymać samochód pod pozorem kontroli drogowej. (…) Po obezwładnieniu Chrostowskiego (…), G. Piotrowski, zabierając ze sobą jedną z drewnianych pałek obwiązanych częścią koszuli, wysiadł oraz polecił ks. J. Popiełuszce wysiąść (…) i polecił, aby zajął miejsce na tylnym siedzeniu. Wobec kategorycznej odmowy, G. Piotrowski szarpnął silnie J. Popiełuszkę, który zatoczył się i wtedy uderzył go kilkakrotnie trzymaną w reku pałką w okolice głowy i karku, czym spowodował upadek ks. J. Popiełuszki na asfalt szosy i utratę przez niego przytomności. Następnie G. Piotrowski i W. Chmielewski zakneblowali J. Popiełuszce usta gazą i skrępowali sznurkiem ręce. (…) L. Pękala z wnętrza samochodu specjalną dźwignią otworzył bagażnik, do którego szybko włożyli nieprzytomnego J. Popiełuszkę i zamknęli pokrywę, (...) a L. Pekala szybko ruszył w kierunku Torunia. (…) W czasie dalszej drogi L. Pękala nadal stwierdził, że samochód nie jest w pełni sprawny, a równocześnie G. Piotrowski i W. Chmielewski, siedzący na tylnym siedzeniu zaobserwowali, że pokrywa bagażnika jest wyginana przez ks. Popiełuszkę, który odzyskał przytomność i chciał się uwolnić. W tej sytuacji w Toruniu L. Pękala, na polecenie G. Piotrowskiego, zjechał z trasy na asfaltowy parking w pobliżu hotelu „Kosmos”. W czasie postoju zamierzali także dokonać zmiany tablic rejestracyjnych. W tym celu L. Pękala otworzył dźwignią bagażnik i wtedy ks. J. Popiełuszko, który w drodze oswobodził się z więzów i knebla, wyskoczył z bagażnika i zaczął uciekać, wzywając pomocy. Pobiegł za nim G. Piotrowski, dogonił, zaczął bić pałką i pięściami po głowie i karku, by doprowadzić (go ponownie do stanu nieprzytomności. Wtedy L. Pękala ponownie zakneblował ks. J. Popiełuszce usta, a następnie skrępował mu sznurem ręce i nogi. Ręce związał mu z tyłu w nadgarstkach. W tym czasie Chmielewski wymienił tablice rejestracyjne samochodu na nr 60-31 oraz wlew oleju, z którego wypadł korek, zatkał szmatą. Ponownie G. Piotrowski i L. Pękala umieścili nieprzytomnego J. Popiełuszkę w bagażniku, zamknęli pokrywę i ruszyli w dalszą drogę. W Toruniu przejechali most na Wiśle i skierowali się w stronę Włocławka. Wyjeżdżając z Torunia, zatrzymali się w odległości ok. 80 m od stacji benzynowej, gdzie Piotrowski zakupił olej u pracownika stacji benzynowej.
Ponieważ w tym czasie J. Popiełuszko ponownie odzyskał przytomność i próbował uwolnić się, W. Chmielewski L. Pękala siadali na pokrywie bagażnika, aby uniemożliwić jej wyważenie. Po powrocie G. Piotrowskiego i uzupełnieniu oleju, ruszyli dalej w kierunku Włocławka. Po odjechaniu kilkuset metrów od stacji benzynowej, zajechali w przydrożne krzaki i po otwarciu bagażnika G. Piotrowski wyciągnął Popiełuszkę, położył na rozłożonej na trawie przez L. Pękalę narzucie oraz bił go pałką drewnianą. Następnie L. Pękala i W. Chmielewski włożyli J. Popiełuszce do ust knebel z kawałka ręcznika, który przewiązali sznurkiem, poprawili więzy i ponownie włożyli nieprzytomnego J. Popiełuszkę do bagażnika, przykrywając narzutą. Dodać należy, że przed pozbawieniem J. Popiełuszki przytomności, G. Piotrowski groził mu, że jeżeli nie będzie leżał spokojnie, to zastrzeli go z pistoletu.
Jadąc dalej w kierunku Włocławka zauważyli, że J. Popiełuszko znowu wygina pokrywę bagażnika, usiłując wydostać się. Na polecenie G. Piotrowskiego, L. Pękala skręcił w boczną leśną drogę i zatrzymał się w miejscu oddalonym od szosy oraz niewidocznym. Wspólnie wyjęli J, Popiełuszkę z bagażnika i położyli na ziemi, po czym G. Piotrowski kilkakrotnie uderzył go pałką po głowie. Następnie L. Pękala i W. Chmielewski na knebel w ustach założyli gazę, przy czym L. Pękala plastrem o szerokości 5 cm zakleił usta, owijając ten plaster dwukrotnie dookoła głowy. Poprawili J. Popiełuszce więzy na rekach. Sznurem przywiązali mu do nóg worek z kamieniami wagi 10,6 kg. Nogi podkurczyli do tyłu i założyli na szyję pętlę ze sznura, której końce przywiązali do nóg. Taki sposób założenia pętli powodował, że przy próbie wyprostowania nóg pętla zaciskała się na szyi i ofiara się dusiła. Po włożeniu ks. J. Popiełuszki do bagażnika, ofiara była trwale unieruchomiona. W czasie jazdy uzgadniano sposób dalszego postępowania, albowiem ucieczka W. Chrostowskiego była nieprzewidzianą przez sprawców okolicznością. (…) Dojechali mniej więcej do połowy tamy i zatrzymali się. Wszyscy trzej wyjęli J. Popiełuszkę z bagażnika i wrzucili go przez barierę do wody między 4 i 5 filarem zapory. W tym miejscu głębokość wody wynosi 4,18 m, a odległość od korony tamy do lustra wody – 16,5 m”.
Taki był finał, według oficjalnych akt procesu, życia i aktywnej posługi religijnej i patriotycznej ks. Jerzego Popiełuszki. Nie wyjaśnioną do końca sprawą jest bezpośrednia przyczyna jego śmierci. Specjaliści z zakresu medycyny sądowej podczas Procesu Toruńskiego stwierdzili bowiem w swojej opinii, że jednoznacznie „Biegli nadal nie mogą się wypowiedzieć, czy ks. J. Popiełuszko przeżył stan głębokiego niedotlenienia w drodze do tamy we Włocławku i na granicy życia i śmierci został wrzucony do wody, czy też śmierć nastąpiła już w drodze, a do wody wrzucono zwłoki. Biegli nie mają żadnej podstawy do przyjęcia, ażeby śmierć ks. J. Popiełuszki nastąpiła z powodu utopienia”.
Podobnie w sentencji wyroku I Instancji w Toruniu z 7 lutego 1985 roku czytamy: „Z całym naciskiem należy podkreślić, że w momencie, gdy zapadła decyzja o wrzuceniu księdza Popiełuszki do Wisły, żył on jeszcze, a więc oskarżony G. Piotrowski w tym momencie wydał na niego wyrok śmierci, który następnie wszyscy oskarżeni wykonali wspólnymi siłami”.
Męczeńska śmierć nadeszła po wielu miesiącach udręczenia przez oficjalnych przedstawicieli władzy za bezkompromisową posługę kapłańską.
Wyżej cytowany wyrok, oceniając zabójców, mówi: „Wszystkie te okoliczności dowodzą, że śmierć księdza Jerzego Popiełuszki została przez oskarżonych zaplanowana jeszcze przed 13 października 1984 r., a w dniu 13 października przystąpiono do wykonania podjętego zamiaru zabójstwa. Ten sam zamiar zrealizowali oni wobec księdza Jerzego Popiełuszki w dniu 19 października 1984 r., gdyby jednak i w tym dniu nie powiodła się jego realizacja, już w dniu 21 października 1984 r. ponownie przystąpiliby oni do realizacji swojego planu, to jest dokonania zabójstwa”. Idąc za tokiem powyższego wywodu w tym momencie można uczyć refleksję. Jak wielkie cierpienia fizyczne i duchowe przeżywała porwana ofiara. świadczy o tym fakt, że raz po raz odzyskiwał świadomość i próbował się uwolnić. Jednocześnie należy też uświadomić sobie jak wielka nienawiścią pałali zabójcy do swej ofiary i w imię czego? Odpowiedź jest prosta. Byli oni produktem komunistycznego systemu ateistycznego, pozbawieni zwykłej ludzkiej wrażliwości. Dla obrony ideologii i systemu komunistycznego, z nienawiści do kapłana, który odważnie reprezentował wartości chrześcijańskie, posunęli się do jego niecnego zabójstwa.
Udokumentowane męczeństwo w Positio super martyrio, przygotowane przez postulatora sprawy ks. dr. Tomasza Kaczmarka, obejmuje 1157 stron druku. Cały proces i jego wymieniona dokumentacja miała dać odpowiedź na postawioną wątpliwość: Czy pewną jest rzeczą że, jak się twierdzi, ks. Jerzy Popiełuszko poniósł śmierć męczeńską za wiarę?
Księga ta stała się podstawą studiów 8 konsultorów teologów i generalnego promotora wiary. Każdy konsultor przygotował pisemną opinię, wyrażając swoje zdanie, czy jest za czy przeciw orzeczeniu męczeństwa.
Pozwolę sobie przytoczyć opinię ósmego konsultora, która brzmi: „Lektura i studium Positio oraz wszystkich dokumentów dogłębnie mnie poruszyły. Bogu, Sprawcy przedziwnych dziel w swoich Świętych, mówię wielkie dzięki. Szczerze i z poczuciem pełnej odpowiedzialności wyrażam moją ocenę pozytywną o prawdziwości Męczeństwa Sługi Bożego Ks. Jerzego Popiełuszki”.
Podczas wspólnego posiedzenia w dniu 20 stycznia 2009 roku, po dogłębnej dyskusji wszystkich obecnych dziewięciu członków, w protokole zapisano: „Na zakończenie tej debaty wszyscy Konsultorzy wyrazili swoją opinię twierdzącą (9 na 9), wyrażając przekonanie, że ten heroiczny kapłan Kościoła w Polsce mógłby być szybko ogłoszony męczennikiem Chrystusa, o ile taka będzie wola Ojca Świętego”.
Franciszek zrezygnował z publikacji adhortacji posynodalnej.
Jako dewizę biskupiego posługiwania przyjął słowa „Ex hominibus, pro hominibus” (Z ludu i dla ludu).