Opinia publiczna w Polsce i w świecie, z chwilą porwania i śmierci ks. Jerzego Popiełuszki, 19 października 1984 r., uznała go za męczennika.
Na drugim miejscu stawiano techniczne środki operacyjne, czyli podsłuchy (pokojowe i telefoniczne), podglądy oraz kontrolę korespondencji. Technikę operacyjną stosowano na obiektach stałych w stosunku do osób spełniających funkcje kierownicze (Prymas Polski, dom Nuncjatury Apostolskiej, biskupi, prowincjałowie i inne ważniejsze osoby). W zasadzie wszystkie telefony osób duchownych krócej lub dłużej (a niektóre na stałe, np. w kuriach biskupich) były na podsłuchu SB.
Trzecim źródłem informacji były tzw. kontakty obywatelskie, uzyskiwane w drodze rozmów funkcjonariuszy SB z pracownikami różnych instytucji, zwłaszcza osobami sprawującymi kierownicze funkcje.
W latach 1970-1976 liczba agentury systematycznie rosła. Według wstępnych danych w 1972 roku Biuro „C” MSW zarejestrowało 18 tysięcy tajnych współpracowników (TW), a w 1974 roku było ich 22 tysiące. W 1977 roku liczba TW wzrosła do 30 tysięcy.
Mimo oficjalnych oświadczeń czynników rządowych i partyjnych o woli „pełnego porozumienia” z Kościołem katolickim po powstaniu ruchu „Solidarności” , władze nie rezygnowały z jego dalszego rozpracowywania. Minister Spraw Wewnętrznych, gen. Czesław Kiszczak, 30 listopada 1984 roku wydał zarządzenie ściśle tajne, wprowadzające unowocześnione metody działania Departamentu IV, którego zadaniem, tak w centrali, jak i w terenie było: „Rozpracowanie, przeciwdziałanie i zwalczanie wrogiej i szkodliwej antypaństwowej działalności politycznej, społeczno-idologicznej, podejmowanej bądź inspirowanej przez hierarchię i kler Kościoła rzymsko-katolickiego, Kościoła i związki wyznaniowe nie rzymsko-katolickie oraz członków i działaczy stowarzyszeń katolików świeckich”.
Po wprowadzeniu stanu wojennego, ateistyczny system komunistyczny nie zmalał, najwyżej przybierał różne formy sytuacyjne. Wystarczy przytoczyć tu dwie wypowiedzi gen. W. Jaruzeleskiego podczas przemówienia do Komitetu Centralnego PZPR w październiku 1986 roku: „Zwracam waszą uwagę z całą konsekwencją, by udoskonalać metody działania: karać i nagradzać, aby jasno pokazywać to, co Kościołowi wypada, a co nie wypada” . Natomiast w kwietniu 1987 roku podczas posiedzenia Sekretariatu KCPZPR dodał: „Towarzysze, nasza partia straciła animusz (spakowała manatki) nie tylko z racji kryzysu, ale z racji religijnych (…). Nie można być komunistą i jednocześnie wygrzewać ławki w kościele. Ale sprawy tak wyglądają, że należy wziąć sobie do serca pokój, czynić wszystko, co możliwe, aby dokonać zmian, ale jest to proces długi i trudny”.
Taki był kontekst, w którym Sł. Boży żył i wypełniał swoją posługę duszpasterską.
Prześladowanie księdza Jerzego
Działalność duszpasterską ks. Jerzego władze komunistyczne systematycznie śledziły, a kazania podsłuchiwały i nagrywały. Potem je przepisywano i studiowano. Ich treści bezpodstawnie uznano za antyrządowe i burzące ustalony porządek socjalistyczny. Pociągnęło to za sobą szereg pism Urzędu do Spraw Wyznań kierowanych do Kurii Metropolitalnej Warszawskiej, by ograniczono aktywność duszpasterską ks. Jerzego. Zarzucano mu organizowanie manifestacji politycznych, które rzekomo miały zagrażać ładowi i bezpieczeństwu społecznemu. Od 13 listopada 1982 rozpoczęto systematyczne nękanie ks. Jerzego w najrozmaitszy sposób . Jedną z form było wysyłanie w drogę agentów, którzy śledzili wyjazdy ks. Jerzego. Dokonywano dokuczliwych kontroli drogowych, godzinami przetrzymywano na drodze. Agenci służbowo czekali na jego powrót. W Zapiskach czytamy: „Z Kielc wracałem pod opieką 3 panów 1 pani w brązowym fiacie. Czynili to w sposób prymitywny. Po powrocie do Warszawy dowiedziałem się, że miałem wezwanie na prokuraturę, ale siostry nie przyjęły” . Inne świadectwo: „30 VIII 1983 jechałem wygłosić kazanie w Gdyni u ks. Jastaka na prośbę Ani Walentynowicz. Jechałem w towarzystwie ks. Bogdana (Liniewskiego), który wrócił z Afryki i Waldka Ch(rostowskiego), który wiele mi pomaga i ochrania. Przed Łomiankami zatrzymały nas 3 radiowozy MO i 2 SBeckie. Oczywiście chodziło o mnie. Trzymali 8 godzin, a Waldka na Żytniej 50 godzin”.
Urząd do Spraw Wyznań, oprócz Kurii Metropolitalnej Warszawskiej, ciągle atakował Sekretariat Konferencji Episkopatu, by ograniczył działalność ks. Jerzego . W dniu 22 września 1983 wiceprokurator Anna Jackowska postanowiła wszcząć śledztwo w sprawie „nadużywania wolności sumienia i wyznania na szkodę PRL” przez ks. Jerzego Popiełuszkę. Rozpoczęły się jego nękania wezwaniami na przesłuchanie. Pierwsze przesłuchanie nastąpiło w dniu 12 grudnia 1983 roku, podczas którego odczytano ks. Jerzemu decyzję o wszczęciu śledztwa. W zakończeniu uzasadnienia napisano: „Długotrwałość przestępczego działania, w świetle przytoczonych wyżej, ustalonych niewątpliwie faktów, pozwala stwierdzić, iż Popiełuszko nadużywając wolności sumienia i wyznania oraz swobody działania Kościoła rzymsko-katolickiego w Polsce, uczynił z obiektu kultu religijnego miejsce szkodliwej dla interesów PRL propagandy antypaństwowej”.
Po trzech godzinach przesłuchania, pani prokurator zarządziła rewizję w mieszkaniu ks. Jerzego, o czym on sam tak pisze: „Nie ulega wątpliwości, że w czasie przesłuchania panowie z SB weszli do mieszkania i wnieśli tam obciążające mnie materiały. Na rewizję jechałem spokojny, bo nie miałem tam nawet ulotki sprzed stanu wojennego. Jakież było zaskoczenie, gdy jeden z 4 oficerów śledczych (w obecności prokuratora, Waldka i mojej) przez 3 minuty nawyciągał stos obciążających materiałów. Było tam ponad 15 tysięcy egzemplarzy nielegalnych pism. Gryps w języku francuskim, 60 egzemplarzy 14-stronicowego sprawozdania ks. Małkowskiego ze spotkania z ks. Prymasem, rzekomo wysłane do mnie z listem od Giedroycia z Paryża, 36 naboi do pistoletu maszynowego, trotyl, dynamit z zapalnikiem i przewodem elektrycznym do detonacji, 4 duże gazy łzawiące, 60 matryc zagranicznych, 5 tub farby drukarskiej. Pan jednak dał siłę. Przyjąłem to spokojnie. Zacząłem się śmiać i powiedziałem «Panowie, przesadziliście». Do protokołu, który pisał por. Chyłkiewicz, dałem adnotację: «Zwracam uwagę na fakt, że jeden z oficerów po wejściu do mieszkania kierował kroki bezpośrednio w miejsca, z których wyciągał obciążające mnie materiały, jakby wiedział, że one tam są». Trzej inni oficerowie przeglądali delikatnie książki. Widać było, że tylko jeden był wtajemniczony. Później dowiedziałem się, że naprzeciwko, od paru miesięcy, zamieszkał esbek z dziennika TV. To wszystko musiało być u niego przygotowane. Innej możliwości nie widzę. Przyjechała telewizja, pootwierano wszystkie szafki i lodówkę, aby sfilmować”.
Na tym sprawa się nie skończyła. Ksiądz Jerzy został aresztowany, gdzie przeszedł upokorzenia, o czym dalej pisze w Zapiskach: „O godz. 20.00 byłem w pałacu Mostowskich. W celi nr 6 kazano mi rozebrać się do naga. Milicjant przeprowadzający rewizję (nie miał więcej jak 20 lat), złapał się za głowę i powiedział: «że też to na mnie musiało przypaść». Następnie zaprowadzono mnie do celi nr 23. Tam było 5 ludzi (podejrzanych o zabójstwo żony i wrzucenie do Wisły, współudział w morderstwie w Grodzisku Mazowieckim, zabicie 4 ludzi lokomotywą, nadużycia gospodarcze i jeden konfident). Dostałem materac i 2 liche koce i położyłem się na podłodze. Współtowarzysze celi odnosili się do mnie z życzliwością, obsługa mundurowych MO również. [...] 13 XII o godz. 14.00 zrobiono mi fotografię w trzech pozycjach. O 18.00 wezwano do prokuratora. W dużej sali konferencyjnej zastałem prokuratora (z przeszukania), mec. Wende i 2 śledczych. Przedstawiono mi zarzuty po przeszukaniu. Artykuły opiewające w sumie na 21 lat pozbawienia wolności + 10 lat z art. 194. Do aktu oskarżenia dodałem swoje oświadczenie: «Fakt znalezienia się w moim mieszkaniu, w niewiadomy mi sposób, materiałów obciążających, uważam za prowokację w stosunku do społeczeństwa w celu wzniecenia niepokoju społecznego, wykorzystując w tym celu moją osobę, która od pewnego czasu przestała być osobą prywatną». [...] O 21.45 byłem wolny. Czy wolny?!!” . Od 12 grudnia 1983 roku do 26 czerwca 1984 roku ks. Jerzy był wzywany aż 16 razy na rzesłuchanie przez milicję i Służbę Bezpieczeństwa.
Piotr Sikora o odzyskaniu tożsamości, którą Kościół przez wieki stracił.