Msza św. pogrzebowa z udziałem biskupów, licznych kapłanów oraz wiernych, którzy ks. Malińskiego znali i cenili, została odprawiona w kościele ss. wizytek. Następnie ks. Maliński został pochowany na cmentarzu na Salwatorze.
Mszy św. w kościele sióstr sercanek w Krakowie przewodniczył kard. Stanisław Dziwisz, który również pożegnał zmarłą s. Eufrozynę Teresę Rumian na cmentarzu Rakowickim. S. Eufrozyna przez wiele lat była osobistą sekretarką Jana Pawła II, a później pracowała w sekretariacie kard. Stanisława Dziwisza.