Zmarł po długiej walce z chorobą nowotworową 9 września 2022 r. w wieku 59 lat. Był postacią nietuzinkową, oddaną lokalnej społeczności i Kościołowi. Troszczył się o promowanie wartości rodzinnych. Uroczystościom pogrzebowym 14 września na cmentarzu parafii katedralnej przewodniczył bp Marek Mendyk.
Archidiecezja katowicka pożegnała człowieka wielkiego formatu, kapłana ze świadomego wyboru żyjącego w cieniu. Ks. Franciszek Otremba został pochowany w Rybniku-Niedobczycach. Zdjęcia: Przemysław Kucharczak /GN
Msza św. pogrzebowa z udziałem biskupów, licznych kapłanów oraz wiernych, którzy ks. Malińskiego znali i cenili, została odprawiona w kościele ss. wizytek. Następnie ks. Maliński został pochowany na cmentarzu na Salwatorze.
Rodzina, przyjaciele, przedstawiciele środowiska naukowego i członkowie Środowiska, a także delegacja zakonu bożogrobców pożegnali 17 grudnia w Krakowie prof. Gabriela Turowskiego - profesora immunologii, przyjaciela Jana Pawła II i publicystę. Mszy św. w kaplicy cmentarza na Salwatorze przewodniczył kard. Stanisław Dziwisz.