Doświadczył doli uchodźcy i tułacza. Był wszędzie tam, gdzie losy rzucały Polaków w czasie II wojny światowej. Przekonywał, że póki są w nich wiara i nadzieja, ojczyzna nie zginęła.
Biskup Gawlina miał świadomość historycznych wyzwań. Pisał do przedstawicieli polskiego rządu: „Jako biskupowi polskiemu i katolickiemu nasuwa mi się pytanie, czy moje miejsce nie powinno być raczej wśród narodu zamiast wśród emigracji. Pasterz nie powinien się chować, gdy olbrzymia część wiernych żyje na tułaczce”. Przezwyciężając opór także polskiego rządu, wiosną 1942 roku wyruszył do Rosji. Stolica Apostolska nadała mu tytuł wizytatora apostolskiego dla Polaków katolików obrządku wschodniego. Był pierwszym biskupem katolickim, który oficjalnie wjechał na terytorium Rosji, od bolszewickiej rewolucji 1917 roku.
Wrażenie jego misji było ogromne. Dowodzący polskimi siłami w Związku Radzieckim gen. Władysław Anders zanotował: „W stosunkach sowieckich niesłychanym wydarzeniem była zgoda na przyjazd do Armii Polskiej w ZSRR biskupa polowego Gawliny. (…) Dla naszych żołnierzy było to wstrząsające przeżycie: do niedawna nie wolno im się było modlić, a teraz przydzieleni do Armii Polskiej generałowie i pułkownicy NKWD słuchają Mszy św. z odkrytymi głowami”. Po krótkim pobycie w Moskwie, gdzie wieść o przyjeździe polskiego biskupa rozeszła się natychmiast, co spowodowało, że do jedynego czynnego w mieście kościoła pw. św. Ludwika ruszyły setki ludzi, aby się wyspowiadać i przystąpić do Komunii św., pojechał do Kujbyszewa (dzisiaj Samara) nad Wołgą, gdzie przebywały władze sowieckie i korpus dyplomatyczny. Wszędzie witany był entuzjastycznie. Dla powstającej armii był symbolem jedności wszystkich polskich sił zbrojnych. W ciągu pięciu miesięcy, nieraz w bardzo trudnych warunkach, przemierzał wielkie obszary Tadżykistanu, Kazachstanu, Uzbekistanu i Kirgizji. W miejscach, gdzie przebywał, tłumnie gromadzili się nie tylko żołnierze. „Ludzie schodzili się pieszo nieraz z oddalonych o 60 km kołchozów, aby tylko powitać ks. Biskupa i otrzymać jego błogosławieństwo”, wspominał jeden ze świadków tych spotkań.
W czerwcu 1942 roku w miejscowości Jangi Jul pod Taszkientem bp Gawlina przewodniczył niezwykłej uroczystości. Głównodowodzący tej armii, gen. Władysław Anders, luteranin, dokonał aktu publicznej konwersji na katolicyzm. Na tę decyzję złożyły się zarówno wojenne przeżycia, a zwłaszcza jego uwięzienie na Łubiance, jak i własne religijne przemyślenia Andersa. Być może pewną rolę w tym odegrał także kontakt z bp. Gawliną. Dobrze znający Andersa ks. Włodzimierz Cieński wspominał tamtą chwilę: „Nigdy go takim przedtem ani potem nie widziałem, ani w Moskwie, ani pod Monte Cassino, kiedy widziałem go wzruszonego w pełni chwały. Tu było coś głębszego, pełniejszego, bo wypływającego z autentycznych przeżyć religijnych”.
Gawlina był z tymi żołnierzami aż do chwili, gdy zapadła decyzja o ich ewakuacji do Persji (Iranu). Wyjechał z nimi ostatnim transportem na początku września 1942 roku. Później w Persji pomagał tworzyć sieć sierocińców i ochronek, gdyż w masie 114 tys. żołnierzy ewakuowało się także blisko 30 tys. cywili, w tym 13 tys. dzieci.
Wśród czerwonych maków
Biskup Gawlina towarzyszył żołnierzom w ich w dalszej tułaczce, a przede wszystkim w dramatycznych chwilach włoskiej kampanii, gdy uformowani jako 2. Korpus Polski ruszyli do ataku na Monte Cassino. Przyleciał do nich z Tunisu w maju 1944 roku na wiadomość, że podjęta została decyzja użycia sił polskich do forsowania Linii Gustawa, na której wcześniej połamało się kilka alianckich szturmów. Gdy przybył na miejsce, od razu ruszył do żołnierzy. Wielu z nich zapamiętało sylwetkę starszego pana w ochronnym płaszczu przeciwko broni chemicznej w charakterystycznej, przekrzywionej na bakier furażerce, przemierzającego polowym łazikiem bezdroża, aby spotykać się z nimi i nieść pociechę przed walką. W nocy z 11 na 12 maja 1944 roku w miejscu postoju 5. Sanitarnego Ośrodka Ewakuacyjnego koło Venafro, skąd niedaleko było do wyjściowych pozycji bojowych, biskup odprawił Mszę św. Było to pół godziny przed rozpoczęciem szturmu. Jak zanotował o. Józef Maria Bocheński, Gawlina chciał tak ją odprawić, „aby Podniesienie wypadło na początek natarcia”. Podczas drugiego natarcia, 17 maja, gdy gen. Anders rzucił do walki wszystkie rezerwy, biskup zajął miejsce w punkcie sanitarnym, opatrując rannych, przewożonych z pola walki.
Po zajęciu Rzymu mieszkał w Watykanie, ale nadal wyjeżdżał na front, starając się być blisko żołnierzy walczących pod Loreto i Ankoną. Za całą swoją postawę podczas wojny otrzymał z rąk naczelnego wodza gen. Kazimierza Sosnkowskiego Krzyż Srebrny Orderu Wojennego Virtuti Militari. Później zabiegał o powstanie monumentalnego polskiego cmentarza wojennego na zboczach Monte Cassino, naprzeciwko klasztoru. To miejsce było dla niego symboliczne. Nie tylko jako miejsce pochówku blisko tysiąca żołnierzy, z których wielu znał osobiście i los ich był mu bliski. Cmentarz na zboczach Monte Cassino był także wielkim wołaniem o wolną Polskę w czasach, gdy w kraju nawet wspomnienie o tej bitwie było zakazane. Tam także został pochowany, niedaleko późniejszego grobu zwycięskiego wodza Władysława Andersa, którego przyjmował do Kościoła katolickiego.
W rozważaniu przed modlitwą Anioł Pański, Papież Franciszek mówił o męczennikach, oddających życie.
Franciszek zrezygnował z publikacji adhortacji posynodalnej.