Styczniowa rewolucja w Egipcie w pierwszych tygodniach zmieniła wiele, ale wkrótce ponowiły się ataki na wspólnotę chrześcijańską oraz przemoc i przestępczość.
Tymi słowami kard. Antonios Naguib z Aleksandrii podsumował porewolucyjną sytuację chrześcijan nad Nilem. Egipski purpurat bierze udział w Mityngu Przyjaźni Narodów we włoskim Rimini. Patriarcha katolickich Koptów obawia się o los wyznawców Chrystusa oraz o los kraju stojącego przed istotnymi zmianami ustrojowy.
„Egipt przeżywa aktualnie chwile poważnego braku bezpieczeństwa – powiedział egipski purpurat Radiu Watykańskiemu. – Obawiamy się bardzo o przyszłość. Siły zbrojne robią wiele, niemniej nie są w stanie ograniczyć aktów wandalizmu, do których dochodzi codziennie i wszędzie. Zdaję sobie sprawę, że grupy islamskich ekstremistów zdobędą w najbliższych wyborach parlamentarnych zdecydowaną pozycję i przyjmuję to, jak i inni, jako coś normalnego, ponieważ w oparciu o demokratyczny konsensus ich znaczenie polityczne musi być uznane. Podobnie dość szybko mogą osiągnąć większość, ale już gdy dojdą do władzy, sytuacja stanie się niebezpieczna, jeśli narzucą innym wyznaniowy model państwa islamskiego. W ostatnim apelu do wspólnoty katolickiej sprzed dwóch miesięcy zachęcałem do wsparcia ruchu zmierzającego ku państwu obywatelskiemu i demokratycznemu, który dominował u początku rewolucji. Zaraz potem, jak wiemy, pojawiły się grupy islamistów z własną wizją państwa opartego na szariacie, i to on zaczął stopniowo przeważać”.
Kard. Naguib wyraził nadzieję, że nowe ramy ustrojowe Egiptu nie będą opierać na prawie religijnym i na przynależności mieszkańców do grupy wyznaniowej, ale na wolności religijnej. W jego przekonaniu państwo obywatelskie nie może eliminować wartości religijnych z życia publicznego, ale zapewnić każdemu obywatelowi wolność wyznania, sumienia, wyboru oraz uznać je w życiu publicznym.
Za obronę powstańców styczniowych w 1863 r. car skazał duchownego na wygnanie w głąb Rosji.