Imię papieża koptyjskiego Teodora II znalazło się na szczycie sporządzonej przez islamistów listy kilkudziesięciu osób, które należy zabić w Egipcie.
Obok niego widnieją na niej także nazwiska tymczasowego prezydenta kraju Adlego Mansura i generała Abdela Fattaha as-Sisiego, głównego odpowiedzialnego za zamach stanu z 3 lipca, który obalił prezydenta Mohammeda Mursiego z Bractwa Muzułmańskiego. Poinformował o tym 7 sierpnia watykańska misyjna agencja prasowa FIDES. Listę znaleziono w kopercie w jednym z meczetów kairskich. Choć nie była podpisana, władze badają sprawę ze względu na stopień potencjalnego zagrożenia.
Chrześcijanie egipscy, których ponad 90 proc. stanowią koptowie, obawiają się o swoje bezpieczeństwo, gdy Teodor II otwarcie poparł zamach stanu. Na Synaju zabito 2 wyznawców Chrystusa, w tym duchownego. Już na początku lipca koptyjski papież odwołał swe cotygodniowe katechezy wygłaszane w katedrze św. Marka. Na jej zewnętrznej ścianie ktoś wymalował graffiti z napisem: „Egipt pozostanie islamski”.
Mimo napięcia i zagrożenia zwierzchnik Kościoła koptyjskiego wystosował orędzie do muzułmanów Egiptu i całego świata z okazji święta Id al-Fitr, kończącego ramadan - miesiąc postu i modlitwy. Życzył im "dobra, radości i pokoju"
Franciszek zrezygnował z publikacji adhortacji posynodalnej.
Jako dewizę biskupiego posługiwania przyjął słowa „Ex hominibus, pro hominibus” (Z ludu i dla ludu).