„Czyż Chrystus tego nie chce, czy Duch Święty tego nie rozrządza, ażeby ten Papież-Polak, Papież-Słowianin, właśnie teraz odsłonił duchową jedność chrześcijańskiej Europy, na którą składają się dwie wielkie tradycje: Zachodu i Wschodu”.
W czerwcu 2001 r. Jana Paweł II udał się na Ukrainę. Spotkał się z przedstawicielami oficjalnego (kanonicznego) Kościoła prawosławnego, co miało raczej charakter kurtuazyjny. Wizyta na Ukrainie pokazała przede wszystkim siłę i dynamizm Ukraińskiego Kościoła Greckokatolickiego.
Wizyta w kolejnym kraju o zdecydowanie prawosławnej większości, Bułgarii, nastąpiła w maju 2002 r. Atmosfera tej wizyty w niczym nie przypominała jednak Rumunii, choć przez synod tamtejszego Kościoła prawosławnego został przyjęty życzliwie. Część prawosławnej hierarchii zbojkotowała jednak spotkanie z Papieżem.
W lipcu 2000 r. – w roku Wielkiego Jubileuszu - nastąpiło wznowienie po siedmioletniej przerwie prac Międzynarodowej Komisji Wspólnej do spraw Dialogu Teologicznego. Spotkanie odbyło się w Baltimore, ale nie przyniosło konkretnych efektów.
Kolejną przeszkodą w dialogu z Patriarchatem Moskiewskim, było podniesienie przez Stolicę Apostolską do rangi diecezji dotychczasowych administratur apostolskich dla katolików obrządku łacińskiego na terytorium Federacji Rosyjskiej 11 lutego 2002 roku. Wyrażając szacunek Rosyjskiemu Kościołowi Prawosławnemu, diecezjom tym nadano tytuły świętych, a nie miast, w których znajdują się ich ośrodki. Decyzja Stolicy Apostolskiej wzbudziła jednak oburzenie Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego i tym samym zamknęła w sposób definitywny możliwość pielgrzymki Jana Pawła II do Rosji. Papież nie pojechał do Rosji, mimo, iż był tam oficjalnie zapraszany przez kolejnych prezydentów: Michaiła Gorbaczowa i Borysa Jelcyna.
Mimo to, Jan Paweł II podejmował kolejne gesty. Np. 28 sierpnia 2004 r. nastąpiło zwrócenie Patriarchatowi Moskiewskiemu kopii ikony Matki Boskiej Kazańskiej, która od 1993 r. wisiała w prywatnych apartamentach Jana Pawła II
Oficjalny dialog z prawosławiem moskiewskim wznowiono jednak dopiero po śmierci Jana Pawła II - w Belgradzie na sesji we wrześniu 2006 r.
Brak możliwości porozumienia z Patriarchatem Moskiewskim był chyba wielkim rozczarowaniem dla samego papieża i jedną z największych porażek tego 27-letniego pontyfikatu. Nie znaczy to jednak, że fiaskiem zakończyła się profetyczna wizja Jana Pawła II – odbudowy Europy „dwóch płuc”. Udało się przede wszystkim, to co zakładał na samym początku pontyfikatu, a mianowicie dowartościowanie duchowej tradycji wschodniej, jako równoprawnej tradycji chrześcijańskiej w Europie.
Doszło też do odkrycia tożsamości wspólnej duchowej przestrzeni duchowej (choć bardzo mocno zróżnicowanej kulturowo i wyznaniowo) na terenach od Atlantyku, aż po wschodnie granice Ukrainy. „Wschodnie płuco” jest tam reprezentowane przede wszystkim przez Ukraiński Kościół Greckokatolicki i przez Rumuński Kościół Prawosławny. W takiej kompozycji oba płuca Europy oddychają harmonijnie. Włączenie do tej wspólnoty prawosławia rosyjskiego pozostaje zadaniem kolejnych pontyfikatów. Miejmy nadzieję, że uda się to zrealizować przed końcem czasów.
13 maja br. grupa osób skrzywdzonych w Kościele skierowała list do Rady Stałej Episkopatu Polski.