Wiele kontrowersji wzbudził wyrok Trybunału Sprawiedliwości UE uznający, że „organizm niezdolny do rozwoju nie jest embrionem”.
Chodzi o niezapłodnione ludzkie komórki jajowe, które mają stanowić w przyszłości „materiał hodowlany” komórek macierzystych przydatnych w nowatorskich technikach medycznych. Wyrok z 18 grudnia 2014 r. przełamuje dotychczasowy zakaz patentowania metod z użyciem niezapłodnionych komórek jajowych oraz komercjalizacji odkryć w tej dziedzinie. Decyzja ta budzi zdecydowany sprzeciw Kościoła: „Ten wyrok wydaje mi się znamiennym uproszczeniem, bo nie chodzi zwyczajnie o fakt, że nie mamy do czynienia z embrionem i w związku z tym po prostu można z tego uczynić przedmiot patentów i handlu – powiedział Radiu Watykańskiemu prezes Papieskiej Akademii „Pro Vita” bp Ignacio Carrasco de Paula. – Wystarczy pomyśleć na przykład o przekazywaniu nerek czy innych narządów do przeszczepów: przecież nie są to embriony, a jednak absolutnie nie jest dozwolony w żadnej poważnej etyce i medycynie – przynajmniej na ile wiem – handel tymi narządami. To może stać się niebezpieczne, bo stopniowo taka ocena może zostać rozciągnięta na inne dziedziny, bardzo wrażliwe zwłaszcza w naszych czasach. Dla mnie szczególnie uderzająca jest na przykład możliwość – bo taka istnieje – że przy pomocy takiego jajeczka pobudzi się w określony sposób powstawanie ludzkiego istnienia. Słowo «zmanipulowana» [w odniesieniu do takiej komórki] wydaje mi się tu dość trafne, ponieważ znaczy to, że nie chodzi o komórki jajowe w stanie naturalnym, na których dokonuje się badań czy czegoś podobnego. Oczywiście to wszystko jest w gruncie rzeczy domeną etyki zysku i naprawdę jest to bardzo niebezpieczne”.
Niepokój watykańskiego bioetyka budzi też możliwość otwarcia drzwi dla nielegalnego handlu ludzkimi komórkami jajowymi. „To się wydaje oczywiste. Choć mam nadzieję, że do tego nie dojdzie, to sygnał w tym kierunku jest bardzo wyraźny – zaznaczył bp Carrasco de Paula. – Mnie szczerze martwi, że tego rodzaju orzeczenie może do czegoś takiego doprowadzić. A przecież nie było o tym nawet dyskusji. Nie mówię, że chodzi o dyskusję w środowisku parlamentarnym, ale przynajmniej o debatę publiczną, bo przecież kwestia ta dotyczy wszystkich ludzi, a na pierwszym miejscu środowiska medycznego. To orzeczenie wskazuje, że w Europie brakuje głębszej etyki! I tak się żyje: każdy problem traktuje się osobno. To jest naprawdę niepokojące! Jeśli istnieje wspólna polityka ekonomiczna, powinna istnieć też etyka, przynajmniej co do zasadniczych punktów, które dotyczą właśnie intymności i godności istoty ludzkiej”.
Bp Carrasco de Paula nawiązał też do papieskiego przemówienia w Parlamencie Europejskim. Franciszek zachęcał w nim Unię Europejską do wspierania i przestrzegania godności ludzkiej w obawie przed traktowaniem ludzi jak przedmiotów.
„Tu właśnie mamy do czynienia z takim przypadkiem – stwierdził prezes Papieskiej Akademii „Pro Vita”. – Od dziś komórki jajowe, zmanipulowane z jakiegoś powodu, stają się przedmiotem: można je kupować i sprzedawać. I tak otwarto drogę, która zaprowadzi nie wiadomo dokąd. Naszym głównym zadaniem jest wciąż obrona ludzkiego życia i jego godności. A godność oznacza przede wszystkim, że coś jest godne, bo nie jest przedmiotem, nie ma ceny, nie da się sprzedać ani kupić. I chodzi tu o rzecz bardzo poważną. Ojciec Święty odniósł się, choć w innym kontekście, ale chodzi o podobne sprawy, do niewolnictwa. Niestety nasi bracia i siostry, którzy są niewolnikami, mają cenę i koszt, a zatem ich godność została naruszona, całkowicie usunięta. Niemniej uważam, że na te sprawy należy patrzeć nie tylko zdroworozsądkowo, ale także z nadzieją, bo przecież mamy wiele możliwości: jeśli jakaś norma została zmieniona po trzech latach, to znaczy, że możemy ją na powrót zmienić może już za dwa lata... I nie chodzi o to, czy to dwa lata, trzy czy pięć. Przecież od nas zależy podjęcie słusznej drogi czy powrót na nią w tak delikatnej dziedzinie, jak ludzkie ciało”.
Franciszek zrezygnował z publikacji adhortacji posynodalnej.
Jako dewizę biskupiego posługiwania przyjął słowa „Ex hominibus, pro hominibus” (Z ludu i dla ludu).