Polski system podatkowy traktuje Kościół katolicki tak jak inne instytucje i osoby fizyczne. Każdy duchowny opłaca podatki: zryczałtowany bądź od wynagrodzenia, a instytucje kościelne prowadzące działalność gospodarczą płacą podatki CIT i VAT. W przypadku podatku dochodowego osoby prawne Kościoła uzyskują ulgi, jeśli dochody przeznaczają na działalność charytatywną, edukacyjną, na rzecz kultu bądź remont zabytków lub budowę obiektów sakralnych.
Duchowni, którzy osiągają przychody z działalności duszpasterskiej są płatnikami podatku zryczałtowanego. Księża wikariusze i proboszczowie są opodatkowani podobnie jak osoby fizyczne, które prowadzą pozarolniczą działalność gospodarczą. Obowiązuje ich podatek dochodowy w formie ryczałtu od przychodów z ofiar otrzymywanych w związku z pełnionymi obowiązkami duszpasterskimi.
Wysokość ryczałtu ustalana jest odrębnie na każdy rok podatkowy przez urząd skarbowy właściwy dla miejsca wykonywania funkcji o charakterze duszpasterskim. Kwartalne stawki ryczałtu zamieszczone są w załącznikach do ustawy (nr 5 i 6) i stosuje się je także wobec osób duchownych innych wyznań.
Przewidziano stawki ryczałtu dla duchownych kierujących parafią i wikariuszy, w zależności od wielkości parafii (decyduje liczba mieszkańców, a nie liczba wiernych) i miejsca zamieszkania. Proboszcz płaci (w 2023 r.) od 540 zł do 1945 zł, a wikariusz od 160 do 626 zł. zryczałtowanego podatku dochodowego kwartalnie. Można oszacować, że w sumie księża płacą co najmniej 50 mln zł podatku dochodowego rocznie, z tego tytułu. Należy podkreślić, że księża płacą podatek uzależniony od liczby mieszkańców parafii a nie od faktycznej liczby wiernych. W ten sposób system podatkowy podkreśla misyjność Kościoła i odpowiedzialność duszpasterską za wszystkich ludzi.
Księża, siostry zakonne i zakonnicy, gdy są zatrudnieni na tzw. „etacie” lub zleceniu, płacą podatek dochodowy (PIT) i podlegają takim samym zasadom jak wszyscy inni pracownicy. Najczęściej wykonywane prace etatowe to nauczyciel religii, wykładowca, pomoc medyczna, kurialista. W 2021 r. pracowało w Polsce około 29 000 katechetów (około 30% to duchowieństwo).
Jeżeli przyjmiemy średnią pensję katechety w wysokości 5500 zł. brutto, to realnie płacony podatek (po odliczeniach) wynosi ok. 240 zł miesięcznie. Rocznie daje to 25 mln zł podatku PIT od pensji osób zatrudnionych w szkołach, nie licząc innych duchownych płacących tę formę podatku.
Instytucje kościelne, takie jak parafie, kurie, klasztory – tak jak inne podmioty życia publicznego – mogą prowadzić działalność gospodarczą. Wówczas muszą ją zarejestrować w sposób obowiązujący wszystkie podmioty i płacą podatki CIT, PIT, VAT jak wszyscy inni uczestnicy rynku. Muszą również składać informacje i deklaracje dotyczące podatków dochodowych, podatku VAT, składek ZUS i innych obciążeń publicznoprawnych.
Co prawda kościelne osoby prawne mogą nie płacić podatku dochodowego, ale preferencja ta obowiązuje tylko pod warunkiem, że dochody zostaną przeznaczone na cele kultu religijnego, oświatowo-wychowawcze, charytatywno-opiekuńcze oraz na konserwację zabytków, prowadzenie punktów katechetycznych, inwestycje sakralne w zakresie: budowy, rozbudowy i odbudowy kościołów oraz kaplic, adaptację innych budynków na cele sakralne, a także innych inwestycji przeznaczonych na punkty katechetyczne i zakłady charytatywno-opiekuńcze.
Ponadto Kościół płaci także podatek VAT od wszystkich zakupów oraz usług bez możliwości odliczenia lub zwrotu.
Ulgi i zwolnienia podatkowe względem Kościoła i jego instytucji zamieszczone w regulacjach prawnych mają przede wszystkim na celu wspieranie Kościoła w prowadzeniu przez niego różnych dzieł religijnych, a w szczególności wymienionych powyżej charytatywno-opiekuńczych, oświatowych i wychowawczych, które służą dobru ogólnemu ludzi zarówno wierzących, jak i określających się jako niewierzący.
Instytucje kościelne, które nie prowadzą działalności gospodarczej nie płacą podatku dochodowego i są traktowane tak jak fundacje, które wykonują ważne zadania dla społeczeństwa i nie prowadzą działalności gospodarczej.
Ustawa o stosunku Państwa do Kościoła katolickiego zwalnia kościelne osoby prawne od opodatkowania i od świadczeń na fundusz gminny oraz fundusz miejski z tytułu posiadanej nieruchomości o ile są one przeznaczone na kult religijny lub cele edukacyjne (szkoły, seminaria). Zwolnione są również: klasztory, kurie i zabytki. Za użytki rolne i lasy Kościół płaci takie same podatki jak każdy inny właściciel.
Franciszek zrezygnował z publikacji adhortacji posynodalnej.
Jako dewizę biskupiego posługiwania przyjął słowa „Ex hominibus, pro hominibus” (Z ludu i dla ludu).