Dawne społeczeństwa niemal przez cały czas doświadczały epidemii oraz pandemii chorób zakaźnych. Nie omijały one również terytorium Polski. Niektóre z nich miały duży wpływ nie tylko na historię, lecz także na rozwój medycyny, a nawet funkcjonowanie instytucji państwowych i sposób życia.
Nie rozumiejąc mechanizmów przenoszenia dżumy, próbowano przewidzieć jej nadejście. W 1591 r. wykształcony w Bolonii lekarz i filozof Piotr Umiastowski w dziele "Nauka o morowym powietrzu na czwory księgi rozłożone" zamieścił katalog znaków zwiastujących epidemię. Wymieniał m.in. pojawienie się komety, ogromnej liczby żab i gwałtowne zmiany pogody. Sygnałem miało być również szybkie gnicie mięsa wystawionego na wiatr czy zdychanie psów pojonych poranną rosą. Były to logiczne wnioski wynikające z przekonania o powodowaniu epidemii przez "morowe powietrze".
W czasach nowożytnych epidemie szły w parze z wojnami. Obu tym "jeźdźcom apokalipsy" sprzyjały chaos i przemieszczanie się rzesz ludności. Podczas wielu nowożytnych wojen liczba poległych w bitwach była nieporównywalnie niższa niż zmarłych w wyniku epidemii, takich jak dyzenteria, czerwonka czy dur plamisty. Dżuma wyniszczająca armię Szwecji i Rzeczypospolitej była w 1629 r. jednym z głównych powodów zawarcia zawieszenia broni. Straszliwe żniwo zebrały epidemie w czasie wojen połowy XVII wieku. W czasie tzw. kampanii żwanieckiej w trakcie powstania Chmielnickiego w 1653 r. licząca 30 tys. żołnierzy armia koronna straciła ok. 20 tys. "W Warszawie mrze od smrodów z trupów pobitych a niepochowanych i z koni; także i w Poznaniu i Szwedzi umierają, i między wojskiem naszym poczęło było" - pisano o zarazie z lat 1655-1656.
Epidemie mogły także sparaliżować odsiecz wiedeńską. "Połowa nam prawie wojska choruje na taką chorobę, która jest zarazą podobna" - pisał król Jan III Sobieski w liście do królowej Marysieńki. Zarazy uderzały na wyniszczoną Rzeczpospolitą także w XVIII wieku. Pod koniec lat sześćdziesiątych dżuma stała się pretekstem dla Austrii i Prus do ustanowienia kordonu sanitarnego na granicy z Rzecząpospolitą. Dokonane wówczas aneksje pogranicza stały się wstępem do pierwszego rozbioru w 1772 r.
Dramatyczne epidemie w XVII i XVIII w Polsce i innych krajach Europy wywoływały też wzrost niepokojów społecznych. Coraz częstsze były oskarżenia o świadome wywoływanie chorób. Ich ofiarami bywali m.in. grabarze, cyrulicy i znachorzy, których podejrzewano o chęć dorobienia się na fałszywych medykamentach lub organizacji pogrzebów. Oskarżano również społeczność żydowską, której przedstawiciele mieli rzekomo rzadziej zapadać na choroby epidemiczne. 7 marca 1711 r. stracono w Lublinie trzech grabarzy oskarżonych o rozprzestrzenianie zarazy. W czasie tortur przyznali się do winy z chęci zysku: "Żeśmy trupią głowę rozbili i mózg wybrali i smarowaliśmy drzwi u kamienic i domów". Epidemie XVII wieku wpływały także na ówczesną, barokową fascynację śmiercią i przemijaniem.
Franciszek zrezygnował z publikacji adhortacji posynodalnej.
Jako dewizę biskupiego posługiwania przyjął słowa „Ex hominibus, pro hominibus” (Z ludu i dla ludu).