Abp Józef Michalik przewodniczył wprowadzeniu relikwii błogosławionych męczenników peruwiańskich, ojców Zbigniewa Strzałkowskiego i Michała Tomaszka, do kościoła franciszkanów konwentualnych w Przemyślu.
„Nienawiść i odejście od wierności sumieniu zawsze zaślepia, a człowiek brnie w czynionym złu” – powiedział metropolita przemyski. – Gdzie jakakolwiek ideologia zbudowana na egoizmie, na fałszu, na nienawiści do drugiego człowieka się pojawi, tam najbardziej cierpią biedni ludzie” – stwierdził abp Michalik.
Ojcowie Michał Tomaszek i Zbigniew Strzałkowski byli zakonnikami krakowskiej prowincji franciszkanów konwentualnych. Pracowali na misjach w peruwiańskim Pariacoto. Zginęli 9 sierpnia 1991 r. z rąk terrorystów Świetlistego Szlaku. Zostali beatyfikowani 5 grudnia 2015 r. Zgodnie z decyzją Kongregacji ds. Kultu Bożego i Dyscypliny Sakramentów ich wspomnienie liturgiczne będzie obchodzone 7 czerwca.
Franciszek zrezygnował z publikacji adhortacji posynodalnej.
Jako dewizę biskupiego posługiwania przyjął słowa „Ex hominibus, pro hominibus” (Z ludu i dla ludu).