Po długich latach błogosławionych rządów święty odszedł po nagrodę do Pana 6 grudnia (stało się to między rokiem 345 a 352). Ciało świętego zostało pochowane ze czcią w Mirze, gdzie przetrwało do roku 1087. Dnia 9 maja tegoż roku zostało przewiezione do miasta włoskiego Bari. Dnia 29 września 1089 roku uroczyście poświęcił jego grobowiec w bazylice wystawionej ku jego czci papież bł. Urban II. Tu właśnie przy grobie św. Mikołaja odbył się w roku 1098 synod, który miał za cel połączenie Kościołów prawosławnego z rzymskim. Przewodniczył na tym synodzie papież bł. Urban II. Wśród zgromadzonych 184 biskupów był także prymas Anglii, arcybiskup św. Anzelm z Canterbury, który w tym czasie był na wygnaniu. W Bari przy bazylice św. Mikołaja istnieje dokument z wieku XII, opisujący dokładnie dzieje sprowadzenia relikwii świętego. W Mirze byli już wówczas Turcy. Kupcom włoskim udało się wydobyć od nich zezwolenie na zabranie relikwii św. Mikołaja. Podane są nawet imiona dwóch kapłanów, którzy w tej uroczystości uczestniczyli: Lupus i Grinoaldus. Bari uprzedziło w tym Wenecję, która również chciała relikwie św. Mikołaja przewieźć do siebie. W Mirze do dnia dzisiejszego zachowały się ruiny kościoła św. Mikołaja. Archeolodzy za zezwoleniem miejscowych władz tureckich odkryli ślady bazyliki pierwotnej. Św. Mikołaj jest głównym patronem Bari, chociaż przedtem był nim św. Sabin.
Obecna bazylika św. Mikołaja pochodzi z wieku XII. W roku 1197 odbyła się jej konsekracja, w której uczestniczył kanclerz cesarza Henryka VI i bardzo wielu biskupów. Wszakże krypta tejże bazyliki pochodzi z roku 1089. Jest ona trzynawowa i kryje w sobie grób świętego z jego obrazem, który jest uważany za łaskami słynłcy. Palą się przed nim wieczne lampy, podobnie jak na grobie świętego. Obraz jest bardzo dawny, wykonany na srebrnej blasze, przedstawia św. Mikołaja w stroju biskupa. W kościele górnym obok ołtarza głównego jest ołtarz św. Mikołaja, kuty w srebrze, a nad nim jest także obraz świętego. Bazylika posiada również skarbiec. Wśród darów można oglądać artystyczny relikwiarz z wieku XII oraz diadem muzułmański z wieku XIII. Osobliwością bazyliki jest "święta kolumna", przy której miał według miejscowej tradycji być biczowany Pan Jezus. Kultu wszakże specjalnego słup ten nie odbiera. Podanie głosi, że kiedyś miał z kości świętego wydobywać się pachnący płyn, zwany "manną". Mówią o nim patriarchowie Konstantynopola: św. Jan Chryzostom (? - 407), św. Metodiusz i inni. Miał on posiadać własności lecznicze. Ekspertyza naukowa, jaką przeprowadzono w ostatnich latach, wykazała, że święty był wzrostu niskiego (167 cm), ale za to miał silną konstrukcję. W chwili śmierci miał 72-80 lat. Badania przeprowadzono w 1957 roku. Wzięli w nich udział delegat papieski, kardynał Adeodato Jan Piazza, i kardynał Grzegorz Piotr XV Agagian, 6 metropolitów i 19 biskupów. Bazylikę mają pod opieką dominikanie. Dwa razy w roku Bari urządza uroczystość ku czci św. Mikołaja: 9 maja i 6 grudnia. Pierwsza jest na pamiątkę sprowadzenia do Miry jego relikwii, druga - w dzień jego zgonu. Uroczystość majowa ma szczególnie uroczysty charakter. Odtwarza się bowiem w niej pamiątkę sprowadzenia relikwii. Całe miasto jest przystrojone galowo. Największy i najpiękniej ubrany statek wiezie złoconą, dwumetrową figurę świętego w asyście mnóstwa przystrojonych barwnie statków, stateczków i łodzi. Gdy statek przywiezie figurę św. Mikołaja na brzeg, obwozi się ją po mieście na specjalnie przygotowanym powozie.
Miasto Bari liczy dzisiaj ok. 400 000 mieszkańców i jest największym z miast nad Adriatykiem. Biskupstwo zostało tu założone w początkach chrześcijaństwa, podniesione do godności metropolii w wieku X. Tu właśnie spędziła ostatnie lata życia królowa Bona, żona króla polskiego Zygmunta II Augusta, pochodząca z książąt Bari, Sforzów.
Najstarsze ślady kultu św. Mikołaja napotykamy w wieku VI, kiedy to cesarz Justynian wystawił świętemu w Konstantynopolu jedną z najwspanialszych bazylik. Cesarz Bazyli Macedończyk (w. VII) w samym pałacu cesarskim wystawił kaplicę ku czci świętego. Do Miry udawały się liczne pielgrzymki. W Rzymie św. Mikołaj miał dwie świątynie, wystawione już w wieku IX. Papież św. Mikołaj I Wielki (858-867) ufundował ku czci swojego patrona na Lateranie osobną kaplicę. Z czasem liczba kościołów św. Mikołaja w Rzymie doszła do kilkunastu! W całym chrześcijańskim świecie św. Mikołaj miał tak wiele świątyń, że pewien pisarz średniowieczny pisze: "Gdybym miał tysiąc ust i tysiąc języków, nie byłbym zdolny zliczyć wszystkich kościołów, wzniesionych ku jego czci". Oczywiście, przesada to poetycka, ale jest w niej jądro prawdy.
O popularności św. Mikołaja jeszcze dzisiaj świadczy piękny zwyczaj przebierania ludzi za św. Mikołaja i rozdawanie dzieciom prezentów. Odbywa się to w różnych formach: "św. Mikołaj" przychodzi w przebraniu biskupa lub (w dawnym ZSRR) Dziadka Mroza do domów, przyjeżdża na saniach albo nawet jak w USA samolotem albo helikopterem. W sklepach przez cały już Adwent "Mikołaje" wręczają podarki dzieciom, kupione przez rodziców. Podobiznę świętego opublikowano na znaczkach pocztowych w wielu krajach. Postać św. Mikołaja uwieczniło wielu malarzy i rzeźbiarzy. Wśród nich wypada wymienić Agnolo Gaddiego, Arnolda Dreyrsa, Jana da Crema, G. B. Tiepolo, Tycjana itd. Najstarszy wizerunek św. Mikołaja można oglądać w jednym z kościołów Bejrutu. Arabski ten fresk pochodzi z wieku VI.
W Polsce kult św. Mikołaja był kiedyś bardzo popularny. Jeszcze dzisiaj pod jego wezwaniem jest aż 327 kościołów w naszej Ojczyźnie. Po św. Janie Chrzcicielu, a przed św. Piotrem i Pawłem najpopularniejszy jest św. Mikołaj. W Poznańskiem co siódmy kościół był wystawiony ku czci św. Mikołaja. Do najokazalszych należą kościoły w Gdańsku i w Elblągu. Ołtarzy posiada święty znacznie więcej, a figur i obrazów ponad tysiąc. Miał również św. Mikołaj z Miry swoje sanktuaria w Polsce. Do głośniejszych należało w Pierściu na Śląsku Cieszyńskim (do wieku XIX) i na Pomorzu w okolicy Koszalina (do wieku XVI). święty odbierał kult jako patron panien, marynarzy, rybaków, dzieci, więźniów i piekarzy. Zaliczany był do 14 Orędowników. Zanim jego miejsce zajął św. Antoni Padewski, św. Mikołaj był wzywany we wszystkich naglących potrzebach. Istniały także bractwa ku czci św. Mikołaja, jak np. w Benicach, Maniewie czy Żydowie.