Zaufany króla

Prawdopodobnie pod namową żony króla Zygmunta Konstancji Habsburżanki, w 1619 r. został mianowany przez monar­chę biskupem przemyskim. Sakrę przyjął z rąk prymasa Wawrzyńca Gembickiego. Przejmując diece­zję, od razu zabrał się do pracy. W 1621 r. zwołał synod diecezjalny, którego ustawy wydał drukiem. Często też uczestniczył w posie­dzeniach kapituł.

Po 5 latach - decyzją króla - został przeniesiony na biskupstwo w Poznaniu, gdzie wykazał się po­dobną energią i zaangażowaniem. Podjął się m.in. odbudowy katedry, która spłonęła w 1622 r. Przed­sięwzięcia nie dokończył, gdyż po dwóch latach król Zygmunt III Waza mianował go metropolitą gnieźnieńskim.

Ojciec ubogich
Godność prymasa Jan Wężyk pełnił w trudnych czasach wojny ze Szwedami. Bardzo zależało mu na wyparciu nieprzyjacie­la z granic państwa, dlatego na zwołanym  przez siebie synodzie w 1628 r., obok kwestii kościelno-prawnych, postulował o uchwalenie wysokich kon­trybucji. Ponadto wielką wagę przykładał do spraw związanych z katechizacją wiernych, przygoto­waniem do święceń kapłańskich, urzędów biskupich oraz reprezen­tacją duchowieństwa w Trybunale Koronnym. Uchwały synodu, któ­re były ujednoliceniem przepi­sów prawa kanonicznego, zostały ogłoszone drukiem.

Po śmierci Zygmunta III Wazy Jan Wężyk sprawował przez rok urząd interreksa. W 1633 r. koro­nował na króla Polski Władysława IV Wazę. Urząd arcybiskupa me­tropolity gdańskiego sprawował przez 12 lat, najczęściej przebywa­jąc w Łowiczu. Do Gniezna zaglą­dał rzadko. Z kapitułą kontakto­wał się głównie za pomocą listów. Zmarł 26 maja 1638 r. w Łowiczu w wieku 63 lat.

Kaznodzieja pogrzebowy, wynosząc jego zalety i przymioty, podkreślał hojność, pobożność i gorliwość w wypełnianiu arcypasterskich powinności: konsekrował 10 biskupów, wyświęcił przeszło 4000 kapłanów, konsekrował wie­le kościołów, ołtarzy, bierzmował kilkadziesiąt tysięcy wiernych.

Jak podkreślają jego biografowie, Jan Wężyk był dobroczyńcą wielu kościołów i klasztorów. Dla pod­danych był prawdziwym ojcem i opiekunem, szczególnie pochyla­jącym się nad ubogimi i chorymi. Z myślą o nich założył fundację charytatywną, działającą do 1864 roku. W testamencie sporządzonym tuż przed śmiercią wszystkie swoje dobra ofiarował kościołom, ubogim oraz ofiarom klęsk żywiołowych.