Niektóre objawienia prywatne wzbudzają ogromne kontrowersje i spory. Na pewno najjaskrawszym przykładem jest Medjugorie. Mimo negatywnego stanowiska miejscowego biskupa wciąż przybywają tam miliony pielgrzymów. Wśród zwolenników kultu Gospy z Medjugorie jest wielu duchownych.
Krótki, trwający niespełna sześć lat, pontyfikat tego papieża zapoczątkował nową epokę w Kościele.