Zupełnie inna sytuacja panuje na chrześcijańskim Południu. Nuncjusz apostolski w Sudanie podkreśla, że Kościół musi teraz na nowo zdefiniować stojące przed nimi wyzwania. Według abp. Leo Boccardiego można je streścić następująco: Południe – ewangelizacja i formacja, Północ – dialog i świadectwo.

„Na Południu Kościół ukierunkowany jest na ewangelizację – wyjaśnił watykański dyplomata. – Chodzi o budowanie struktur, ale przede wszystkim o formowanie sumień wiernych i obywateli. Ponadto trzeba wspierać projekty rozwojowe w różnych dziedzinach. 20 lat wojny pozostawia wciąż głębokie rany, które mogą się zabliźnić dzięki przebaczeniu i pojednaniu. Jestem przekonany, że formacja, zaangażowanie i świadectwo to słowa-klucze nowego planu duszpasterskiego. Trzeba pamiętać, że katolicy zamieszkują głównie Południe. Jest tam siedem diecezji, które muszą wypracować nowy plan działania, tak, by chrześcijanie stali się rzeczywistymi budowniczymi przyszłości nowego kraju. Na Północy obecność Kościoła uległa liczebnemu ograniczeniu. Jest to Kościół, który będzie się odkrywał w dialogu z innymi wyznaniami chrześcijańskimi, ale szczególnie z islamem. Ta obecność staje się świadectwem w kontekście coraz bardziej arabskim i muzułmańskim”.

Rozpad Sudanu abp Boccardi nazwał zamknięciem ostatniej karty kolonializmu w Afryce i otwarciem nowej fazy w historii kraju. Wskazał, że ogłoszenie niepodległości Południa było jakby położeniem kamienia węgielnego, a teraz zaczyna się stawianie kraju na nogi. Dokonywać się to będzie m.in. przez rozwój społeczno-gospodarczy, włączenie obywateli w proces demokratyzacji oraz pojednanie między poszczególnymi grupami etnicznymi.

„Kraje te potrzebują siebie nawzajem – stwierdził nuncjusz apostolskie w Sudanie. – Nie może być tak, że wyznaczenie granic przetnie historyczne łączące je związki. Przed nimi trudna droga. Po euforii związanej z odzyskaniem niepodległości nadszedł czas konkretnych działań. Ogromne bogactwa kraju muszą być wykorzystane dla dobra wszystkich. W pierwszym rzędzie należy wykorzenić korupcję i indywidualizm. Północ dopiero ocenia straty związane z secesją Południa. Z ekonomicznego punktu widzenia są one naprawdę wielkie. Rząd w Chartumie prowadzi politykę nakłaniającą południowych Sudańczyków do repatriacji. Władze wydały nakaz zwolnienia z pracy, zarówno w sektorze publicznym jak i prywatnym, wszystkich obywateli Południa. Ci, którzy zechcą pozostać na Północy, w ciągu najbliższych miesięcy będą musieli uregulować swoją sytuację prawną i będą traktowani tak samo, jak wszyscy inni cudzoziemcy. Będą musieli zatem otrzymać pozwolenie na pobyt i pracę na Północy”.

Nuncjusz apostolski w Sudanie podkreślił, że wciąż niepokojem napawa napięta sytuacja w regionie Abyei, Południowym Kordofanie i rejonie Nilu Błękitnego. Wyraził nadzieję, że związane z tymi obszarami trudne kwestie uda się rozwiązać pokojowo.