Papież Senior został pochowany w tym samym miejscu, gdzie wcześniej spoczywali św. Jana XXIII i św. Jana Pawła II, których ciała po beatyfikacji zostały przeniesione do Bazyliki Watykańskiej. Miejsce swego pochówku Benedykt XVI wybrał jeszcze przed swą rezygnacją w 2013 roku, a jego wola została potem przekazana Papieżowi Franciszkowi.

Grób przykrywa prosta marmurowa płyta z napisem „Benedictus PP XVI”, a obok stoją wiązanki z kwiatami. Porządkowi dbają o to, by było to przede wszystkim miejsce skupienia i modlitwy. Zejście do Grot Watykańskich możliwe jest w godzinach otwarcia Bazyliki św. Piotra.