W auli soborowej zabierał głos dziesięciokrotnie, dwukrotnie w sekretariacie soboru złożył pisemne uwagi do projektów dokumentów omawianych i przyjmowanych przez ojców soborowych. W listopadzie 1964 roku przekazał uwagi do projektu konstytucji o wolności religijnej, którą sobór przyjął po burzliwych dyskusjach, gdyż wielu ojców było przeciwnych uznaniu prawa każdego człowieka do wyboru przekonań religijnych. Prymas Polski nie tylko nie wnosił do tego zastrzeżeń, ale postulował pełną wolność aż po prawo do błądzenia. Kardynał Wyszyński nie tylko więc w Polsce rządzonej przez ateistyczną władzę walczył o prawo do wyznawania wiary i wolność dla Kościoła, nie tylko domagał się prawa wolnego wyboru wyznania dla każdego człowieka, ale chciał też uznania przez katolików, że mogą domagać się wolności dla siebie, o ile uznają wolność sumienia innych. 

„Pojęcie »wolność religijna« bada się przede wszystkim od strony jurydycznej i negatywnie: nietykalność człowieka wobec prawnego i społecznego przymusu. (…) Za mało zaś mówi się o znaczeniu wewnętrznych aktów religijnych. Tymczasem jest to sprawa największej wagi. O istnieniu wolności religijnej dopiero wtedy można mówić, gdy wszyscy ludzie jako jednostki, czyli osoby i obywatele, każdemu człowiekowi przyznają prawo wierzenia i wyznawania według własnej woli każdego. Dzięki bowiem intymnej, wewnętrznej religijnej więzi z Bóstwem (lub z osobowym Bogiem) wolno wnioskować, że każda religia pod pewnym względem jest prawdziwa. Wyraża bowiem własną prawdę poszczególnego religijnego człowieka. Z tego powodu schemat deklaracji powinien stwierdzać, że każdej religii – wyłączając jedynie jej postać patologiczną – przysługuje godność i szacunek.