W tym samym czasie władze migracyjne zażądały od zagranicznych mieszkańców kraju o okazanie swoich dowodów tożsamości, mimo iż były one nadal ważne. Dwaj franciszkanie  podejrzewają, że powodem tej decyzji było informowanie przez Kościół o naruszaniu praw człowieka w kraju. Biskup Juan Abelardo Mata z diecezji Esteli powiedział gazecie, że obcokrajowcy również zgłaszali nadmierne kontrole lub ograniczenia dotyczące ich pozwoleń na pobyt.

Od kwietnia 2018 Nikaragua przeżywa kryzys połączony z protestami przeciwko rządowi prezydenta Daniela Ortegi. Od tego czasu śmierć poniosło ok. 350 osób, a tysiące zostało rannych. Kościół katolicki Nikaragui co pewien czas w ostrej formie krytykuje naruszanie praw człowieka przez władze.