Nie potrafił zrozumieć, dlaczego Bóg nie chce uwolnić go od stygmatów, które były dla niego źródłem udręk. Żarliwie prosił Pana, żeby widzialne rany zniknęły, i czuł się przezeń opuszczony. Nie doświadczał już obecności Boga, a Jego miłość nie napełniała go bezbrzeżną radością. Miał w sobie „kompletny mrok”, „noc ducha”.

Dopiero kiedy wieść o stygmatach obiegła okolicę i do klasztoru w San Giovanni Rotondo zaczęli tłumnie napływać pielgrzymi, o. Pio uświadomił sobie, że jego rany stanowiły coś w rodzaju wezwania. Ludzie nie stawiali czoła trudom podróży jedynie dla zaspokojenia ciekawości. Poszukiwali Boga. W „znakach”, które pojawiły się na ciele kapucyna, widzieli światło, wskazówkę, pamiątkę ukrzyżowania. Przystępowali do spowiedzi, przyjmowali Komunię Świętą, godzinami modlili się w małym kościółku, obiecywali poprawę, nawracali się.

Ojciec Pio zrozumiał, że to wszystko wydarzyło się z woli Pana. Bóg odpowiedział na modlitwy, w których zakonnik ofiarowywał własne życie dla dobra bliźniego, i poprzez widzialne znaki na ciele „przypieczętował” misję, do której kapucyn został powołany.

Wreszcie wszystko stało się jasne. Ojciec Pio odkrył, że jest narzędziem Bożego miłosierdzia, i z werwą, która nieodmiennie towarzyszyła jego poczynaniom, zabrał się do dzieła. Przejęty Bożą miłością, poświęcił się służbie braciom. W ówczesnej dokumentacji klasztornej pojawiły się informacje, jakoby spędzał w konfesjonale szesnaście, a nawet osiemnaście godzin dziennie.

Nie miał czasu na korespondencję z kierownikami duchowymi i nie odczuwał potrzeby jej prowadzenia. Wcześniej, w mrocznych czasach „nocy ducha”, pisał długie listy, w których domagał się uwagi, pomocy, pokrzepienia. Teraz to kierownicy duchowi skarżyli się, że ich zaniedbuje. 14 maja 1919 roku o. Agostino utyskiwał:

"Nadal oczekuję odpowiedzi na list, w którym przesłałem życzenia imieninowe i zadałem kilka pytań. Czy długo jeszcze muszę czekać? Znam twoje udręki i zobowiązania, ale szukaj w Jezusie siły i racz odpowiedzieć komuś, kto ma dla ciebie wiele afektu".

Mniej więcej w tym samym czasie nadszedł list od o. Benedykta. Prowincjał prosił o pewne dokumenty, pytał o lekarza, którego wysłał do San Giovanni Rotondo, i zalecał nawiązanie kontaktu z młodymi ludźmi, o których wspomniał we wcześniejszych listach. „Życzę sobie, żebyś napisał do nich jak najszybciej. Tego wymaga miłosierdzie, a jemu nie sposób odmówić”. 

Ojciec Pio odpisał 3 czerwca 1919 roku. Jego odpowiedź była krótka i kategoryczna:

"Nie mam wolnej minuty, a cały czas jest przeznaczony na uwalnianie braci z szatańskich więzów. Niech Bóg będzie za to błogosławiony. Dlatego proszę, abyś nie zamartwiał się z innymi i nie odwoływał się do miłosierdzia, ponieważ największym miłosierdziem jest wydarcie Szatanowi porwanych przez niego dusz i pozyskanie ich dla Jezusa. I właśnie to niestrudzenie czynię w dzień i w nocy…

Przychodzą tu niezliczone osoby wszystkich klas i obojga płci, jedynie z zamiarem wyspowiadania się, i dla tego zamiaru jestem proszony. Są wspaniałe nawrócenia. Niech więc się wszyscy pogodzą i zadowolą moją modlitwą, w której nieustannie pamiętam o nich przed Jezusem".

Powyższy tekst jest fragmentem książki „Zniszczyć świętego. Śledztwo w sprawie prześladowania o. Pio". Autor: Renzo Allegri. Wydawnictwo Esprit.