W 1875 roku García Moreno po raz trzeci został wybrany na urząd prezydenta Ekwadoru. Kilka dni po wyborze, 6 sierpnia, czyli w dniu, który jak każdy pierwszy piątek miesiąca poświęcony był Najświętszemu Sercu Pana Jezusa, prezydent zgodnie ze swoim zwyczajem wyszedł wczesnym rankiem z domu przy placu Santo Domingo w Quito. O 6.00 rozpoczynała się Msza św. w znajdującym się na placu kościele. Po niej wrócił do domu, chwilę popracował, a później wraz z żoną zjadł śniadanie. Zwykle po śniadaniu od razu szedł do Pałacu Prezydenckiego, ale tym razem pozostał w domu, by przygotować inauguracyjne przemówienie, które 10 sierpnia miał wygłosić w Kongresie. O godzinie 13 w towarzystwie adiutanta wyruszył do Pałacu. Zatrzymał się na krótko na ulicy Sucre w pobliżu kościoła Towarzystwa Jezusowego, by przywitać się z teściami, a później wstąpił jeszcze do kaplicy katedry, gdzie pomodlił się przez chwilę przed wystawionym tu Najświętszym Sakramentem. Wyszedł z kaplicy, kierując się w stronę Pałacu Rządowego. Na schodach Pałacu przywitał się z kilkoma osobami, w tym z Faustino Rayo, którego niedawno zwolnił z posady za korupcję.

Wspiął się bocznymi schodami na ganek z kolumnami, by wejść do Pałacu. Przed drzwiami prowadzącymi do Departamentu Skarbu podbiegł do niego Faustino Rayo i zaatakował maczetą. Pierwszy cios strącił prezydentowi kapelusz, kolejne były bardziej celne, a towarzyszący Rayo wspólnicy oddali w stronę prezydenta serię strzałów z rewolwerów. Jak się później okazało, kule go tylko drasnęły. „Giń, tyranie!” – krzyczał Rayo, zadając prezydentowi rany. Moreno zdołał powiedzieć: „Bóg nie umiera”. Były to ostatnie wyrazy zdania, które często wcześniej powtarzał: „Można mnie zabić i zastąpić, ale Bóg nie umiera”. Prezydent stoczył się na ziemię, a spiskowcy na widok nadbiegających żołnierzy zaczęli uciekać. Rayo został zastrzelony na miejscu, ale reszta wykorzystała zamieszanie i zbiegła. Udało im się później schronić w Peru. Rannego Moreno przeniesiono do katedry, gdzie zmarł pod obrazem Matki Bożej Bolesnej.

Burzliwe lata