Na Jasnej Górze, zgodnie ze zwyczajem, otwarte zostały dla pielgrzymów, krypty w podziemiach kaplicy Matki Bożej, gdzie jeszcze do niedawna w niszach skalnych chowano zmarłych paulinów. Jest to jedno z najstarszych miejsc w sanktuarium, które powstało wcześniej niż sama kaplica. Zakonnicy żyjący według surowej reguły św. Augustyna zachowywali specjalny rodzaj pochówku, pozbawiony nagrobków ziemnych.

Najstarsze pochowane w krypcie kości mnichów złożono we wspólnym grobie w 1836 roku. Później spoczęli tam m.in. generałowie zakonu, jak o. Przeździecki – nieugięty wobec władz carskich czy o. Wrzalik, niezłomny bohater czasów komunistycznych, a także przeorzy: o. Raczyński - odważny obrońca Jasnej Góry w okresie stalinizmu, czy o. Rawicki, ratujący w czasie II wojny światowej Żydów. „To miejsce modlitwy, ale i karta polskiej historii” – zauważa o. Sebastian Matecki, rzecznik Jasnej Góry. „Krypta prawdopodobnie pochodzi z XV wieku, później ulegała pewnym modyfikacjom, miejsce, w którym chowano paulinów służących na Jasnej Górze. Miejsce bardzo ciekawe wizualnie, mocno przemawiające, trzydzieści sześć nisz, do których wsuwano ciała zmarłych mnichów. To jest pamięć, która nie powinna zginąć, pamięć która staje się dla nas przedłużeniem naszego życia, to są korzenie”. Jedyne udostępnione pielgrzymom katakumby w kaplicy Matki Bożej otwarte będą do końca listopada.

Na tzw. jasnogórską nekropolię składają się ponadto podziemia w prezbiterium bazyliki, gdzie odkryto rzadko spotykane w Polsce tzw. „dłubanki” czyli trumny wydrążone w pniu drzewa, kaplice nagrobne w bocznych nawach dużego kościoła oraz Kaplica Pamięci Narodu.