W 578 roku wstąpił do osławionego, palestyńskiego, klasztoru pod wezwaniem św. Teodozego. Stamtąd udał się do Egiptu, gdzie miał odwiedzić patriarchę, świętego Jana Jałmużnika, by wreszcie około roku 619 znaleźć się w Rzymie.

Po powrocie do Ziemi Świętej Sofroniusz ponownie zamieszkał w klasztorze św. Teodozego, by w roku 634, po śmierci dotychczasowego patriarchy Jerozolimy, świętego Modesta, zająć – na prośbę biskupów i ludu - jego miejsce. Wsławił się przede wszystkim jako gorliwy obrońca wiary, zwalczający - w intelektualnych dysputach i pismach - liczne w owym czasie herezje.

Z zachowanych dokumentów wiemy też, że gdy w 637 roku Arabowie zdobyli Ziemię Świętą, udało się Sofroniuszowi wyprosić u kalifa Omara przyrzeczenie, iż jego żołnierze nie będzie się znęcali na ludnością chrześcijańską.

Późniejszy święty zmarł 11 marca 638 roku. Był autorem licznych dzieł - zarówno teologicznych, jak i poetyckich, w tym wierszy, pieśni i od. Warte wspomnienia są także jego teksty hagiograficzne, zwłaszcza „Żywot świętego Jana Jałmużnika” i „Pochwała świętych męczenników Cyrusa i Jana”.