Historia jej życia nierozerwalnie wiążę się z losami księdza Williama Watsona – autora pracy „Quodlibets”, w której próbował rozprawić się z - błędną według niego - argumentacją zwolenników reform zapoczątkowanych przez Henryka VIII. Jego, popierający Kościół anglikański przeciwnicy, pojmali go i uwięzili w słynnej, londyńskiej Tower. Tam też odwiedzała go Małgorzata, która starała się dodawać mu otuchy, by pod wpływem bestialskich tortur, jakim go poddawano, nie wyrzekł się swej wiary. Z czasem też postanowiła dopomóc mu w ucieczce...

Oszukany strażnik więzienny, przemycony do zakratowanej celi sznur, dzięki któremu kapłan mógł wydostać się na zewnątrz, czekający w porcie statek, mający przetransportować go w bezpieczne miejsce... – wszystko to zdarzenia, które – ma się wrażenie – pochodzą ze scenariusz jakiegoś przygodowego filmu spod znaku „płaszcza i szpady”. Tymczasem miały one miejsce naprawdę. Tyle tylko, że w przypadku panny Ward nie zakończył się one hollywoodzkim happy-endem.

Władze więzienia szybko zorientowały się, że w ucieczce księdza pomóc musiała Małgorzata – była jedyna osobą, która przychodziła do niego w odwiedziny. Zaczęto więc i ją torturować, po czym zaproponowano, że zostanie wypuszczona na wolność, jeśli tylko wyrzeknie się swej wiary. Po tym, gdy Małgorzata odmówiła, została powieszona 30 sierpnia 1588 roku w podlondyńskim Tyburn – miejscu gdzie tradycyjnie w XVI wieku dokonywano egzekucji.

Beatyfikował ją Pius XI w 1929 roku, kanonizował zaś Paweł VI w roku 1970.