Na świat przyszła podczas inwazji tatarskiej na Węgry, stąd też legenda lokalizuje jej narodziny na zamku Klis koło Splitu w Dalmacji, w końcu 1242 r. Małgorzata została ofiarowana Bogu na Jego wyłączną służbę w akcie przebłagalnym o uratowanie Węgier od najazdu Tatarów. Wypełniając ślub, Bela IV i Maria Laskaris 3,5-letnią córkę umieścili w klasztorze św. Katarzyny w Veszprém, należącym do dominikanek.

Tam też pod opieką dawnej damy dworu, następnie mniszki, Olimpiades de Bodomer wychowywała się, wdrażając w życie duchowne oraz poznając sztukę czytania, śpiewu liturgicznego i prace właściwe dla wielkopańskich córek. Małgorzata pragnęła prowadzić życie mnisze, zatem udało się jej odwieść rodziców od małżeńskich planów dynastycznych, najpierw z Bolesławem Pobożnym, księciem kaliskim, następnie z Przemysłem II Ottokarem, królem czeskim.

Mając 12, lat złożyła uroczyste śluby zakonne. W klasztorze, mimo królewskiego pochodzenia, była szeregową mniszką. Nie znaczy to, że zwyczajną. Legendy opisują jej niezwykłość. Powszechnie podziwiane było jej umiłowanie liturgii i oficjum. Przed Najświętszym Sakramentem spędzała długie godziny na prywatnej modlitwie i adoracji. Miała głęboki kult Męki Chrystusowej. Specjalną cześć żywiła dla Boga Ojca i Ducha Świętego. Bardzo czciła też Matkę Boską. Centrum życia Małgorzaty stanowiła Msza święta, a Chrystus Eucharystyczny był jej największą pociechą. Kult dla Ciała Bożego ukrytego w znaku Chleba stanowił wyznacznik duchowości modlitewnej świętej. Żar modlitwy podsycała ascezą.

Jej głęboka gorliwość w praktykach pokutnych należała do typowych dla średniowiecznych świętych, jednak pragnienie ducha prowadziło do szeregu surowych umartwień. Legendy omawiają akcesoria pokutne; do dziś zachowała się ascetyczna obręcz pokutna na biodra świętej, wykonana z żelaza. Małgorzata miała nosić trzy rodzaje włosiennic: z szczecin wieprzów, z włosów końskich i z kolców jeża. Trzewiki natomiast gwoździami wyścielała. Trzy razy w tygodniu praktykowała biczowanie dyscypliną, często używanym przez średniowieczne zakonnice środkiem umartwiania się. Umartwiała się także przez posługę chorym, przyjmowała publicznie upokorzenia, nosiła najbardziej zniszczony habit, a pragnąc stać się pokorniejszą, chodziła w okresie wielkopostnym w zarobaczałym i brudnym stroju, przez co doświadczała odrzucenia przez społeczność klasztoru. Często rezygnowała ze snu oraz ograniczała i tak skromne posiłki.

Mimo ciężkich wyrzeczeń Małgorzata chętnie podejmowała najcięższe prace w klasztorze. Spełniała z radością funkcję infirmerki, obejmując czułą opieką chore zakonnice oraz służące. Sprzątała korytarze klasztorne, dźwigała ciężary do kuchni, w której gotowała w wielkich garach na odkrytym palenisku strawę dla mniszek. Ta heroiczna służba prowadziła do tego, że jej ręce często pękały, puchły i krwawiły.

Chociaż Małgorzata całe życie spędziła za klauzurą, pozostała wrażliwa na ludzką biedę. Podarunki, otrzymywane od rodziców i krewnych, za zgodą przeoryszy, przekazywała potrzebującym. O jej miłości miłosiernej opowiada legenda, w której Małgorzata przez kratę w chórze zobaczyła prawie nagiego człowieka, więc szybko obdarowała go własną suknią. Dbała także o to, by i inne siostry udzielały jałmużny.

Mimo że żyła w cieniu klauzury, nieobce jej były losy Węgier. Starała się mediować podczas kryzysów politycznych, nie bacząc na to, że narażała się na nieprzyjemności. Doszło nawet do groźby usunięcia jej z klasztoru, pod wpływem niechęci wielu możnych, którym wypominała błędy. Życiem modlitewnym i pokutnym w 1266 r. wyprosiła u Boga pojednanie między Belą IV a jego synem Stefanem V, bratem Małgorzaty. Pokój został podpisany uroczyście w klasztorze Panny Maryi na wyspie Zajęczej pod Budą. Tego też roku święta stanęła przed trzecią propozycją małżeństwa, tym razem z Karolem Andegaweńskim, królem Neapolu. I ta perspektywa działalności politycznej została przez Małgorzatę odrzucona. W trosce o dobro poddanych Królestwa Węgierskiego prowadziła liczne rozmowy z ojcem i bratem oraz z możnowładcami. Jednak jeszcze więcej uzyskała przez modlitwy i pokutę.

Małgorzatę była niezwykłą osobą. Wiadomo, że miała dar przenikania ludzkich myśli, potrafiła też prorokować. Zdarzały się przypadki odzyskiwania zdrowia przez chorych, za których się modliła. Legenda opowiada nawet o wskrzeszeniu służącej, która wpadła do klasztornej studni i zabiła się, a Małgorzata swymi modlitwami dokonała cudu.

W czasie długich modlitw doznawała ekstaz. Jej twarz oblewała się wówczas nadziemskim blaskiem. Zauważono także mistyczny ogień nad jej głową. Rzecz się powtórzyła podczas biczowania, gdy jej obnażone ciało zajaśniało niezwykłym blaskiem. Miała także całkiem praktyczne właściwości, jak ściąganie z ognia ogromnych garów bez poparzenia się, czy dźwiganie olbrzymich beczek z winem.

Małgorzata, znana z nieprzeciętnej urody mniszka, która swe życie zatopiła w Bogu, ustawicznie do Niego się modląc, opiekunka sierot, wdów, ubogich oraz heroiczna zakonnica klauzurowa, przepowiedziawszy datę swej śmierci, zasnęła w Panu w nocy 18 stycznia 1270 r., mając 28 lat. Została pochowana w kościele klasztornym, a wokół jej grobu zaczęły się dziać liczne cuda. Przekonanie o jej świętości kierowało do klasztoru Panny Maryi w Budzie kroki licznych pątników.

Po zajęciu Budy przez Turków relikwie Małgorzaty tułały się wraz z dominikankami, znajdując azyl w Wielkim Waradynie, następnie w Koszycach i Trnawie. Od 1618 r. spoczywały w kościele Klarysek w Bratysławie. Po kasacie klasztoru w 1782 r. zaginęły. Obecnie część relikwii św. Małgorzaty znajduje się w opactwie Pannonhalma, w kościele Dominikanów w Budapeszcie, a jej pas pokutny jest przechowywany w muzeum archidiecezjalnym w Ostrzyhomiu.

Nieprzerwany wielowiekowy kult Małgorzaty uznał Kościół. 28 lipca 1789 r. Pius VI pozwolił diecezji Siedmiogrodu na odprawianie Mszy św. i oficjum według formularza o błogosławionej Małgorzacie. 26 stycznia 1805 r. papież Pius VII ogłosił ją błogosławioną, czczoną w całym zakonie. Papież Pius XII 19 listopada 1943 r. włączył ją w poczet świętych Kościoła powszechnego.

Święta Małgorzata jest wspominana w liturgii 18 stycznia. Warto dodać, że Małgorzata miała siostry, które również Kościół uznał za godne chwały ołtarzy: starsze - Konstancję, księżnę halicką, potem tercjarkę dominikańską we Lwowie; św. Kingę, księżnę krakowską, następnie klaryskę w Starym Sączu; i młodszą siostrę - bł. Jolantę, po owdowieniu klaryskę w Gnieźnie.