Rodzice Łucji po pierwszym objawieniu zachowali postawę niedowierzania. Ona sama też walczyła z myślami, zastanawiała się, czy nie ulega jakiejś diabelskiej pokusie. Rodzice Hiacynty i Franciszka również zachowywali dystans. Ostatecznie nikt z bliskich dzieci nie poszedł na miejsce objawień 13 czerwca. Tego dnia przypada święto św. Antoniego, otoczonego wielkim kultem w Portugalii, ponieważ pochodził on z Lizbony. W kościele w Fatimie obchodzono odpust. Tego dnia odświętnie ubrane dzieci powędrowały pod dąb w Cova da Iria. Wokół nich zgromadziło się około 50 osób. Po odmówieniu Różańca dzieci znowu zobaczyły rozbłysk jasnego światła, które zbliżało się do nich (nazywały to błyskawicą). Troje pastuszków uklęknęło u stóp dębu. Matka Boża ukazała się im nad drzewem w taki sam sposób jak w maju. Łucja rozpoczęła rozmowę z Maryją, którą zrelacjonowała następująco:

– Czego Pani sobie życzy ode mnie?
– Chcę, żebyście przyszli tutaj dnia 13. przyszłego miesiąca, żebyście codziennie odmawiali Różaniec i nauczyli się czytać. Później wam powiem, czego chcę.

Prosiłam o uzdrowienie jednego chorego.
– Jeżeli się nawróci, wyzdrowieje w ciągu roku.
– Chciałabym prosić, żeby nas Pani zabrała do nieba.
– Tak! Hiacyntę i Franciszka zabiorę niedługo. Ty jednak tu zostaniesz przez jakiś czas. Jezus chce się posłużyć tobą, aby ludzie Mnie poznali i pokochali. Chciałby ustanowić na świecie nabożeństwo do Mego Niepokalanego Serca.
– Zostanę tu sama? – zapytałam ze smutkiem.
– Nie, moja córko! Cierpisz bardzo? Nie trać odwagi. Nigdy cię nie opuszczę, Moje Niepokalane Serce będzie twoją ucieczką i drogą, która cię zaprowadzi do Boga.

W tej chwili, gdy wypowiadała te ostatnie słowa, otworzyła swoje dłonie i przekazała nam powtórnie odblask tego niezmiernego światła. W nim widzieliśmy się jak gdyby pogrążeni w Bogu. Hiacynta i Franciszek wydawali się stać w tej części światła, które wznosiło się do nieba, a ja w tej, które się rozprzestrzeniało na ziemię. Przed prawą dłonią Matki Boskiej znajdowało się Serce otoczone cierniami, które wydawały się je przebijać. Zrozumieliśmy, że było to Niepokalane Serce Maryi, znieważane przez grzechy ludzkości, które pragnęło zadośćuczynienia.

Maryja zapowiedziała więc rychłą śmierć Hiacynty i Franciszka oraz niełatwą misję Łucji. Dzieci miały później sporo kłopotów. Zadawano im mnóstwo pytań, otaczała je nieufność. Miejscowy proboszcz na wieść o objawieniach szczegółowo przepytał pastuszków i nie dawał im wiary. Łucja wspomina później, że podczas tego drugiego objawienia zrozumiała, że jej misją będzie szerzenie nabożeństwa do Niepokalanego Serca Maryi. Matka Boża przekazała jej tę misję jako wolę samego Jezusa („Jezus chce…”). Od tego czasu towarzyszyło jej poczucie opieki i bliskości Maryi, zgodnie z obietnicą Pani z Fatimy. Łucja wyznaje: „Poczułam się pokrzepiona tą obietnicą, pełna ufności, pewna, że Pani nigdy by mnie samej nie zostawiła, że to Ona poprowadzi mnie, pokieruje moimi krokami na drogach życia, gdziekolwiek Bóg zechce mnie zaprowadzić”. I w innym miejscu: „Niepokalane Serce Maryi jest moją ucieczką, przede wszystkim w bardzo trudnych chwilach. Tam czuję się bezpieczna. Ta pewność tak mnie pociesza i raduje. W nim [w Sercu Maryi] znajduję pociechę i siłę”.