Mszy przewodniczył sekretarz świętego, kard. Stanisław Dziwisz, a koncelebrowali m.in. kardynałowie Kazimierz Nycz i Stanisław Ryłko.

W homilii metropolita krakowski wskazał m.in. na wielkie świadectwo miłości do Chrystusa, jakie swoim życiem, obfitującym także w cierpienia fizyczne, dawał nieustannie św. Jan Paweł II. Kaznodzieja podkreślił też ogromną wdzięczność Polaków za jego pontyfikat, a także za pozostawioną nam wrażliwość na działanie Bożego Miłosierdzia.

„Jan Paweł II nie głosił swojej osobistej nowiny. Jedyną nowiną, jaką głosił, był Jezus Chrystus, Odkupiciel człowieka. On za Nim poszedł w młodości, oddał Mu się na służbę i pozostał wierny w tej służbie do ostatniego tchnienia. Pamięć o świętym Papieżu towarzyszy nam stale i pomaga nam odpowiadać na nowe sytuacje i potrzeby Kościoła. Uświadomiliśmy to sobie podczas ostatniego Światowego Dnia Młodzieży w Polsce i w Krakowie. Przeżyliśmy w lipcu niezapomnianie dni, za które pragniemy podziękować Ojcu Świętemu Franciszkowi podczas obecnej pielgrzymki dziękczynnej Kościoła w Polsce do Rzymu. Ale pragniemy także podziękować, i to dzisiaj czynimy tu w tym miejscu, również św. Janowi Pawłowi II, u jego grobu, przy tym ołtarzu. Pamięć o św. Janie Pawle II towarzyszy Kościołowi podczas nadzwyczajnego Jubileuszu i Roku Świętego Miłosierdzia. To on uwrażliwił Kościół na potrzebę szczególnego zwrócenia się do Boga bogatego w miłosierdzie, aby w Jego sercu szukać ratunku dla naszego niespokojnego świata” – powiedział kard. Dziwisz.