Ksiądz Jan Kaczkowski urodził się 19 lipca 1977 r. w Gdyni - jego rodzina pochodzi z Sopotu. Ukończył studia filozoficzno-teologiczne w Gdańskim Seminarium Duchownym i w 2002 r. otrzymał święcenia.

W 2007 r. uzyskał doktorat nauk teologicznych na Uniwersytecie Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie na podstawie pracy "Godność człowieka umierającego a pomoc osobom w stanie terminalnym - studium teologiczno - moralne". W 2008 r. ukończył studia podyplomowe z bioetyki na Uniwersytecie Papieskim Jana Pawła II w Krakowie.

W 2004 r. był jednym z założycieli Puckiego Hospicjum Domowego. Między 2007 a 2009 rokiem koordynował budową Puckiego Hospicjum pw. św. Ojca Pio, po czym został jego dyrektorem i prezesem zarządu.