Duchowny zginął, wysiadając z samochodu przed plebanią, gdzie czekali na niego napastnicy. Oddali oni do swej ofiary dwa strzały, które okazały się śmiertelne. Konający kapłan został następnie obrabowany z rzeczy osobistych. Ks. Fernando Meza Luna był trzecim duchownym zamordowanym w tym roku w Kolumbii.