Czesław Kaczmarek urodził się w Lisewie Małym na Mazowszu w 1895 roku. Studiował w Wyższym Seminarium Duchownym w Płocku; święcenia kapłańskie przyjął w 1922 r. W latach 1922-27 studiował nauki społeczne i polityczne na uniwersytecie w Lille (Francja). W maju 1938 r. został biskupem kieleckim.

W latach okupacji niemieckiej biskup Kaczmarek należał, obok biskupów Lorka i Kubiny, do tych członków episkopatu, którzy, jak oceniał raport Delegata RP na kraj, kierując się dobrą wolą ratowali stan Kościoła - za cenę zapewnienia lojalności oraz wezwania do niesprzeciwiania się zarządzeniom niemieckiego okupanta, uzyskiwali pewne koncesje, jak swobodę publikowania listów pasterskich czy możliwość posiadania własnej drukarni diecezjalnej.

W 1940 r. biskup Kaczmarek wraz z biskupem Kubiną i Lorkiem wysłali list do generalnego gubernatora Hansa Franka prosząc o ograniczenie represji i ograniczeń dotyczących Kościoła i religii. Apelowali m.in. o uwolnienie bp. Górala uwięzionego w obozie Oranieburgu (zmarł w obozie Sachsenhausen w lutym 1945 r., prawdopodobnie rozstrzelany), zapewnienie więźniom i skazanym na śmierć opieki duszpasterskiej, zezwolenie na prowadzenie zbiórek pieniężnych przez "Caritas", zaniechanie wysiedleń Polaków z ziem przyłączonych do Rzeszy i niestosowanie przymusu przy akcji werbunkowej do robót w Niemczech.

Biskup Kaczmarek został aresztowany 20 stycznia 1951 przez funkcjonariuszy Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego na czele z Józefem Światło wicedyrektorem X departamentu w MBP. Bezpieka przetrząsnęła nie tylko pomieszczenia należące do ordynariusza. Przeszukana została cała kuria. Uzbrojeni funkcjonariusze obstawili cały budynek kurialny. Nikt nie mógł go opuścić. Duchowni i pracownicy świeccy zostali uwolnieni dopiero wieczorem, kiedy zostały wywiezione zebrane podczas rewizji dokumenty. Samochód MBP zabrał bpa Kaczmarka i jego wikariusza generalnego ks. Jana Jaroszewicza.

Bp Kaczmarek trafił do więzienia na warszawskim Mokotowie, katowni MBP. Przez 2 lata i 8 miesięcy poprzedzających proces był w nieludzki sposób torturowany. Poddawano go wielogodzinnym przesłuchaniom, podczas których był bity i, obrzucany obelgami. Dostawał także zastrzyki powodujące zmianę świadomości i utratę pamięci. Został całkowicie odizolowany od świata zewnętrznego. Nie zezwalano nikomu na widzenia z ordynariuszem, nie dostawał korespondencji, nie mógł do nikogo pisać. Nie poinformowano go nawet o śmierci matki.

Przesłuchujący go funkcjonariusze wmawiali mu, że został potępiony przez episkopat, a duchowni z jego diecezji odwrócili się od niego. Kiedy 14 września 1953 r. przed sądem wojskowym w Warszawie rozpoczął się pokazowy proces, bp Kaczmarek był już wrakiem człowieka. Jak później wspominał w rozmowie ze swym przyjacielem ks. Wacławem Jezuskiem, zależało mu tylko na jednym, by bronić swojej wiary, nie wyrzec się Boga. Tego się bał najbardziej. O niczym innym już nie myślał.

Złamany podczas brutalnego śledztwa biskup przyznał się do winy. Proces zakończył się 21 września 1953 r. Za kolaborację z hitlerowskim okupantem, szpiegostwo na rzecz Stanów Zjednoczonych i Watykanu oraz próbę obalenia ludowych władz sąd wymierzył mu karę 12 lat więzienia. 25 września aresztowano prymasa Stefana Wyszyńskiego, a trzy dni później (28 września) w specjalnym komunikacie biskupi pod naciskiem władz potępili "przestępcze działania" bpa Kaczmarka.

Dlaczego akurat bp Kaczmarek, jako jeden z pierwszych członków episkopatu stał się obiektem tak brutalnego ataku ze strony komunistów? Biograf biskupa, ks. Jan Śledzianowski ("Ksiądz Czesław Kaczmarek - biskup kielecki", Kielce 1991) wskazuje na dwie zasadnicze przyczyny. Po pierwsze ordynariusz kielecki naraził się władzy ludowej, gdy po pogromie kieleckim 14 lipca 1946 r. sporządził raport, w którym wskazał na rządzących, jako tych, którym mogło zależeć na wywołaniu tumultu. Zdaniem Kaczmarka pogrom nie miał podłoża etnicznego czy antysemickiego, a polityczne. Dodatkowym argumentem przeciw biskupowi był fakt, że dokument został przekazany ambasadorowi Stanów Zjednoczonych.

Kolejnym "grzechem" bpa Kaczmarka był sprzeciw wobec podpisania przez prymasa Stefana Wyszyńskiego porozumienia z rządem w 14 kwietnia 1950 r. Choć najważniejszym oponentem prymasa był kard. Adam Sapieha, to jednak zmarł kilka miesięcy po przyjęciu porozumienia. Komuniści wzięli wówczas na cel ordynariusza kieleckiego, który pełnił ważną w strukturach kościelnych rolę sekretarza episkopatu.

Procesy biskupa Czesława Kaczmarka i innych duchownych był elementem wojny, którą Kościołowi wypowiedział prezydent Bolesław Bierut. Chciał złamać "krnąbrny" Kościół. W maju 1953 r. episkopat wydał list, w którym m.in. potępił szykany wobec Kościoła katolickiego i ingerencję władz w jego sprawy wewnętrzne. Znalazły się tam pamiętne słowa: "rzeczy Bożych na ołtarzach Cezara składać nam nie wolno. Non possumus!"

10 lutego 1955 r. bp Kaczmarek został zwolniony z dalszego odbywania kary. Powodem był zły stan zdrowia. Ordynariusz nie mógł jednak jeszcze przez rok powrócić do swojej diecezji. Po śmierci Bieruta i przejęciu władzy przez Władysława Gomułkę, 28 grudnia 1956 r. Najwyższy Sąd Wojskowy oczyścił hierarchę z zarzutów szpiegostwa i współpracy z hitlerowcami.

Kilka lat później, gdy władza ponownie zaostrzyła politykę wobec Kościoła rozważano powtórne aresztowanie biskupa, ale sprzeciwił się temu Gomułka. Uważał, że aresztowania duchownych odnoszą przeciwny do zamierzonego skutek. Zdawał sobie sprawę, że uwięzienie prymasa Wyszyńskiego wzmocniło jego autorytet.

Komuniści zażądali od Kościoła usunięcia bpa Kaczmarka z urzędu. Episkopat odmówił argumentując, że zmiana ordynariusza nie leży w jego kompetencjach. Zdecydowanie negatywne stanowisko w tej sprawie wyraziła także Stolica Apostolska.

Stan zdrowia biskupa stale się pogarszał. Przebywał na leczeniu w Nałęczowie. Zmarł 26 sierpnia 1963 r. w Lublinie.

W 1990 r. został pośmiertnie zrehabilitowany, a 17 lat później odznaczony Krzyżem Wielkim Odrodzenia Polski. W 2010 r. w Kielcach stanął pomnik biskupa Kaczmarka.