Wadowicach – tak postanowiła wadowicka prokuratura rejonowa. Zawiadomienie o możliwości popełnienia przestępstwa skierowała do prokuratury osoba fizyczna. Nieoficjalnie wiadomo, że był to jeden z byłych współpracowników dyrektora placówki. Zarzuty dotyczyły dawnego dyrektora placówki, ks. Pawła Danka.

Prokuratura wystąpiła także do Urzędu Marszałkowskiego w Krakowie o skontrolowanie placówki. Ani kontrola, ani postępowanie przygotowawcze nie potwierdziły stawianych księdzu zarzutów. Okazało się, że podczas kierowania placówką zachowano procedury dotyczące gospodarowaniu finansami.

Jerzy Utrata, szef prokuratury rejonowej w Wadowicach powiedział KAI, że analiza pod kątem zachowania przepisów nt. gospodarowania finansami publicznymi doprowadziła do wniosku, że nie było w postępowaniu dyrekcji muzeum uchybień, które nosiłyby znamiona przestępstwa. Zaznaczył, że duży wpływ na tę opinię miały wyniki kontroli Urzędu Marszałkowskiego.

Od postanowienia prokuratury o niewszczynaniu postępowania w tej sprawie przysługuje zażalenie.

W październiku ub. roku Zarząd Województwa Małopolskiego podjął decyzję o odwołaniu ks. Pawła Danka z funkcji dyrektora Muzeum Dom Rodzinny Jana Pawła II w Wadowicach. Jako powód podawano utratę zaufania do dyrektora i jego pracy. Nowym dyrektorem został ks. prałat Dariusz Raś, proboszcz parafii pw. Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny w Krakowie, były sekretarz metropolity krakowskiego kard. Stanisława Dziwisza.

O sprawie pisał tygodnik "Newsweek Polska". W artykule znalazła się także sugestia, że poprzedni dyrektor prowadził nieprawidłowo interesy związane z przebudową i gospodarowaniem finansami muzeum. W rozmowie z portalem Wadowice24.pl ks. Danek zapowiedział skierowanie pozwu przeciwko autorowi artykułu i redakcji.

Obecnie w Domu Rodzinnym Jana Pawła II trwa remont. Celem działalności muzeum ma być upamiętnianie i upowszechnianie dziedzictwa bł. Jana Pawła II.