Jak wyjaśnił ks. kan. Jan Kasprowicz, decyzję o budowie krypty w kościele na cmentarzu podjął prymas Polski abp Józef Kowalczyk. „5 kwietnia 2011 r. Ksiądz Prymas napisał do mnie, że widzi, iż na cmentarzu w różnych miejscach są pochowani biskupi pomocniczy. Dla uszanowania ich posługi, także godnej ekspozycji, proponuje, aby zbudować kryptę w kościele śś. Piotra i Pawła” – powiedział ks. Kasprowicz.

Prace związane z przygotowaniem krypty trwały ponad rok. Były prowadzone równocześnie z renowacją świątyni.