Podobnie jak w przypadku wyboru kard. Josepha Ratzingera na następcę św. Piotra, szybko odezwali się przeciwnicy. Jako „kontrowersyjnego” określiła go niemiecka telewizja ZDF, oponentów ma także w tygodniku „Der Spiegel”. Abp Müller ma być, według nich, przeciwnikiem ekumenizmu, niechętnym udziałowi laikatu w życiu Kościoła.

Z kolei tradycjonaliści widzą w nim heretyka zaprzeczającego Niepokalanemu Poczęciu i zwolennika komunizującej teologii wyzwolenia. Kim jest osoba, która będzie odpowiadać za czystość doktryny w Kościele katolickim?