Ta dość niezwykła kompozycja jest hołdem złożonym św. Tomaszowi z Akwinu, największemu filozofowi średniowiecza. Obraz składa się jakby z trzech pięter. W środku znajduje się św. Tomasz, któremu z góry udziela błogosławieństwa Bóg, a z dołu wyrażają swe uznanie ludzie.

Na samej górze znajduje się Chrystus. Poniżej Benozzo Gozzoli zapisał po łacinie słowa: „Dobrze pisałeś o mnie, Tomaszu”. Nawiązują one do tradycyjnej opowieści o świętym. Pewnego dnia, gdy Tomasz modlił się przed krucyfiksem, Jezus miał się odezwać do niego właśnie tymi słowami.Pod postacią Jezusa widzimy z lewej strony św. Pawła, a z prawej Mojżesza. Jeszcze niżej artysta namalował czterech Ewangelistów.

Św. Tomasz został przedstawiony z napisanymi przez siebie księgami na kolanach. W rękach trzyma jedną z najsławniejszych, Summa contra gentiles, otwartą na pierwszej stronie. Po obu stronach świętego stoją jego wielcy starożytni poprzednicy: Arystoteles (z lewej) i Platon. Poniżej leży pokonany przez argumentację Tomasza arabski filozof Awerroes, najwybitniejszy średniowieczny filozof muzułmański.

Na dole widzimy papieża Jana XXII, prowadzącego w Awinionie 14 lipca 1323 roku, na cztery dni przed kanonizacją Tomasza, dysputę z uczonymi. Jan XXII powiedział wówczas o mędrcu z Akwinu, że był on prawdziwym światłem Kościoła. Słowa te Gozzoli zapisał nad siedzącym na tronie z lewej strony papieżem.
Z drugiej strony na tej samej wysokości znajdujemy jeszcze jeden napis charakteryzujący św. Tomasza. To cytat z Księgi Barucha ze Starego Testamentu: „Zbadał wszystkie drogi mądrości (...)” (3, 37).