Obecnie w budynku tym mieści się muzeum historyczno-architektoniczne.

W czterech więziennych pomieszczeniach przeznaczonych na modlitwę rozmieszczono wystawę, dzięki której zwiedzający muzeum będą mogli zapoznać się z życiem aresztantów i historią syberyjskich losów katolików, muzułmanów, protestantów i wyznawców judaizmu. W jednym z pomieszczeń, udostępnionym katolikom w 1898 r., a obecnie znowu otwartym, pierwszy raz od stu lat miejscowa wspólnota katolicka miała okazję uczestniczyć w Mszy.

Więźniami zamku w Tobolsku byli ludzie różnych narodowości i religii. Między innymi czasowo znaleźli się tu za kratami rosyjscy pisarze Władimir Korolenko, Nikołaj Czernyszewski i Fiodor Dostojewski. Pierwszymi katolikami w zamku więziennym Tobolska byli polscy zesłańcy po upadku powstania styczniowego.