Jednym z najważniejszych dokonań Cyryla I było doprowadzenie do zmiany struktur diecezji patriarchatu moskiewskiego w celu przybliżenia posługi biskupów wiernym. Działa 30 metropolii, a liczba diecezji wzrosła ze 159 do 247. Pracuje w nich blisko trzystu biskupów. Powstały nowe wydziały w patriarchacie moskiewskim, takie jak ds. Kontaktów ze Społeczeństwem, ds. Duszpasterstwa Wojskowego, ds. Duszpasterstwa Więziennego i inne. Szczególną troskę patriarcha okazał kształceniu duchowieństwa, czego przejawem było utworzenie Kościelnej Aspirantury i Doktorantury im. śś. Cyryla i Metodego. Inną bardzo ważną decyzją patriarchy, podjętą zaraz po intronizacji, było utworzenie Międzysoborowej Obecności – organu gromadzącego biskupów, kapłanów, mnichów i osoby świeckie. Zadaniem organu jest przygotowywanie najważniejszych decyzji Kościoła. Organ realizuje praktycznie ideę kolegialności. Jednym z najbardziej priorytetowych kierunków działalności Cerkwi, wspieranym przez Cyryla I, jest praca dobroczynna.

W ciągu czterech lat przewodzenia rosyjskiemu prawosławiu patriarcha Cyryl odwiedził osiemnaście krajów. Za jedną z najważniejszych i historycznych uznać należy ubiegłoroczną wizytę w Polsce, w trakcie której razem z przewodniczącym episkopatu abp. Józefem Michalikiem podpisał dokument wzywający do pojednania rosyjskich prawosławnych i polskich katolików oraz narodów Polski i Rosji.